枢密院，总领一切国戍军机战争事，统帅所有国家军事体系部门司局。
枢密院设参知军事枢密使，总掌枢密院；设参知军事数名，可列席枢密院参军会议并议事；各部署设部署总执或仆射或令尹一员，总执各部署；设锦衣镇抚都指挥使一员，设羽林亲军都指挥使一员。
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军务部负责枢密院常务管理。
参谋部参章谋略军议部，负责战略规划和战事调度指挥。
军情部负责情报的汇总和分析，提取有用信息。（但本身不负责情报的搜集）
军法部负责军法执行，监督军队士兵是否违法。
后勤部负责战时军队后勤管理，主要负责兵源的调度、物资的运输、管控和发放，以及负责从兵部那儿讨要后勤物资。
军械部负责军方器械的管理，以及军事装备的采购、投资、评价。
陆军部负责陆军常务管理和战事调度，执行参谋部命令。
海军部负责海军常务管理和战事调度，执行参谋部命令。
空军部负责空军常务管理和战事调度，执行参谋部命令。
天军部只是挂了块牌子，负责未来时代的宇宙军事。
兵备部负责各省各地各个军镇、总督府、都护府、大都护府、巡护府、大巡护府的管理。
戍边部负责边境戍卫。
军演部负责日常军事演练、军事训练。
船务署负责海军舰艇船舶的建造管理。
局务署负责军事装备的研发和制造。
锦衣卫枢密院的情报收集系统。
羽林卫京畿禁军，负责拱卫中枢。