孫恩是東晉五斗米道道士和變民軍首領。字靈秀。祖籍瑯琊（今山東膠南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。其叔父孫泰（字敬遠）奉吳郡錢塘五斗米道首領杜子恭為師。杜子恭死後，孫泰繼傳杜子恭道法，受人敬信。
當時「王恭之亂」爆發時，孫泰以為晉祚將盡，乃以討王恭為名，私合徒眾數千人，準備起事。事未發，司馬道子父子誘斬了孫泰及其六子。孫恩逃入海島，聚眾百余名立志為孫泰復仇。
隆安三年（399年），會稽王世子、揚州刺史司馬元顯下令征召東方各郡中解除奴戶身分而變成客戶的人，把他們稱為樂屬（即，解除奴戶身分的人，但必須充軍），移京師做後備兵源，百姓深感痛苦。孫恩趁民心騷動之際，率眾從海島攻克上虞（今浙江上虞），殺死了上虞令，進而對會稽（今浙江紹興）發起了猛攻，殺會稽內史、五斗米道徒王凝之（王羲之子）。一時之間，會稽、吳郡、吳興、義興、臨海、永嘉、東陽、新安八郡人民群起響應，旬日之間聚眾幾100000。孫恩向安帝上表，歷數會稽王司馬道子和他的嫡長子司馬元顯的罪狀，請求殺掉他們。
自從安帝即位以來，朝內朝外都是變亂叢生，朝廷政令所能到達的地方，只有三吳（今蘇州所在的吳郡、湖州所在的吳興郡、紹興所在的會稽郡）這一小片地域。孫恩作亂之後，三吳的八郡又都被孫恩攻佔，京畿幾個縣，也盜賊禍亂四起。
朝廷宣布全國戒嚴，安帝加授給司馬道子黃鉞，任命司馬元顯為中軍將軍，徐州刺史謝琰兼督吳興、義興等郡軍事，來討伐孫恩。劉牢之也出動軍隊征討孫恩，向朝廷呈上奏章之後立即出師。二十六日，劉牢之帶領大軍渡過浙江，孫恩再一次跑進了海島。
隆安四年（400年），孫恩帶兵進犯浹口（今浙江鎮海東南甬江河口），插進余姚，攻破上虞，進軍到了邢浦。謝琰派遣參軍劉宣之把他打敗，孫恩暫時撤退回去。沒有幾天，他又重新進犯邢浦，官軍在作戰中失敗，孫恩乘勝徑直向縱深挺進。
朝廷非常震驚，派遣冠軍將軍桓不才、輔國將軍孫無終、寧朔將軍高雅之等抵御。十一月，東晉寧朔將軍高雅之與孫恩在余姚交戰，高雅之大敗，向山陰逃跑，戰死的兵卒有十分之七八。
隆安五年（401年）二月初一，孫恩又從浹口返回陸地，進攻句章（今浙江慈溪縣南15里）。劉牢之率兵向他發起進攻，孫恩再一次逃進大海的島中。三月，孫恩進攻海鹽、攻克了滬瀆（今上海），殺了吳國內史袁崧。六月初一，孫恩率軍10多萬、戰艦1千多艘進攻丹徒（今江蘇鎮江），都城建康大為震驚恐慌。初二，東晉都城內外戒嚴，文武百官全部聚集在台省機構內居住、辦公。同時派冠軍將軍高素、輔國將軍劉襲、丹陽尹司馬恢之、冠軍將軍桓謙等人分別據守石頭、淮口、長江南岸、白石等要塞。左衛將軍王嘏等屯兵中堂，豫州刺史譙王司馬尚之守衛京師。孫恩被迫回軍，途中襲擊了郁洲（今江蘇連雲港）、攻克了廣陵（今江蘇揚州），殺死了3千人，抓獲寧朔將軍高雅之。
八月，朝廷下詔，任命劉裕為下邳（今江蘇睢寧西北）太守，命他去郁洲征討孫恩，幾次接戰，把孫恩打得大敗，孫恩的勢力從此衰弱下來，沿海向南敗逃，劉裕也緊追不放，不斷地向孫恩部隊發動進攻。十一月，劉裕追擊孫恩，來到滬瀆（今上海）、海鹽（今浙江海鹽），又一次將孫恩打敗，斬殺的俘虜數以萬計，孫恩于是只好從浹口逃向大海。
元興元年（402年）三月，孫恩進攻臨海（今浙江臨海）被臨海太守辛景戰敗，乃赴海自沉。五斗米道信徒認為他已成「水仙」，投水從死者有百余人。變民軍余眾數千人復推孫恩妹夫盧循為領袖，後盧循軍佔領廣州，一度大舉北伐，直至義熙七年（411年）終告失敗。「孫恩盧循起事」，大大削弱了東晉王朝的力量，國勢日衰。
桓玄（369—404年），字敬道，一名靈寶，譙國龍亢（今安徽懷遠）人，東晉末期桓楚國建立者。
桓玄是東晉名將大司馬、南郡宣武公桓溫之子，自幼為桓溫所喜愛，寧康元年（373年）桓溫去世後，由時年5歲的桓玄襲爵南郡公。
桓玄長大後，對自己的才能和門第頗為自負，總認為自己是英雄豪杰。但是由于其父桓溫在世時，就有當皇帝的野心，只是因為受到王、謝等士族的阻撓，才未能如願。所以朝廷對他也一直深懷戒心而不敢重用。到了他23歲那年（391年），才被任命為太子洗馬（一作先馬，即太子的侍從官，也即太子的生活秘書）。幾年後出京任義興（今江蘇宜興）太守，但還是頗覺不得志，于是就棄官回到其封國南郡（今湖北江陵）。
桓玄早就萌生了篡位的野心。隆安三年（399年），「王恭之亂」以後，桓玄實力不斷加強，到隆安五年（401年），桓玄已經擁有了東晉三分之二的疆土。在除掉司馬道子、司馬元顯父子之後，他認為篡權的障礙已經掃除，于是實施了篡位計劃。
在朝廷討伐孫恩期間，桓玄不斷擴張自己的實力，隆安四年（400年），桓玄攻克了荊州、雍州之後，向朝廷上疏請求管轄江、荊2州。安帝下詔，任命桓玄為都督荊、司、雍、秦、梁、益、寧7州諸軍事，荊州刺史；任命中護軍桓修為江州刺史。同時，桓玄多次讓人向他呈上他可以做君主的天命符征和吉兆，打算用這些來迷惑百姓；又給會稽王司馬道子寫信示威。司馬元顯看到了這封信，非常害怕。
元興元年（402年）正月初一，朝廷下詔書，歷數荊州刺史桓玄的罪狀，任命尚書令司馬元顯為驃騎大將軍、征討大都督、都督18州諸軍事，並把黃鉞也加授給了他。又任命鎮北將軍劉牢之為前鋒都督，任命前將軍譙王司馬尚之統率後衛部隊。又下令實行大赦，改年號元興。在都城內外戒嚴，任命會稽王司馬道子為太傅。
桓玄原以為朝廷正處在多事之秋，值得憂慮的事很多，沒有閑暇來討伐自己，因此，可以趁此機會積蓄力量，等待時機。等到朝廷征討他的大部隊就要出發的時候，他才得知這個消息，大驚失色。桓玄隨即向朝廷呈上奏表，並將檄文公告傳遍各地，揭露司馬元顯的各種罪行，同時揮師向東部進發。檄文傳到都城建康，司馬元顯看到之後，非常害怕。
二月初七，安帝在西池（一名太子湖，晉明帝為太子時所修。今南京九華山附近樂游苑內）為司馬元顯餞行。司馬元顯害怕桓玄，登上戰船，卻沒有馬上出發。十八日，朝廷下詔，派齊王司馬柔之持騶虞幡（一種繪有騶虞圖形的旗幟，用以傳旨解兵）到荊州、江州兩地及軍中，告諭桓玄等立即停止軍事行動。桓玄不听。
二十八日，桓玄抵達姑孰，派遣他的部將馮該等人進攻歷陽（今安徽和縣），襄城（今河南許昌市）太守司馬休之出城迎戰失敗，棄城而逃。
三月初，司馬元顯剛剛準備出發，听說桓玄的大部隊已經到了新亭，便馬上扔掉船只，反身上岸，退到城中的國子學里駐守，初三，又到宣陽門外去排列開戰陣，扎下大營。軍營之中驚恐不安，傳說桓玄的部隊已經抵達南桁（即朱雀桁，在秦淮河上，也叫朱雀橋）。司馬元顯帶著部隊準備回宮，這時，桓玄派遣先頭部隊拔出刀來，緊跟在他們的後邊大聲吶喊著說︰「放下武器！」司馬元顯的部隊徹底崩潰。司馬元顯乘著一匹馬跑進了東府，只有張法順一個人騎馬緊跟著他。司馬元顯向司馬道子詢問有沒有什麼辦法，司馬道子也只是面對著兒子哭泣不止。桓玄派遣太傅從侍中郎毛泰把司馬元顯收押起來，送到新亭。桓玄把他綁在大船的前頭，一條條列舉他的罪狀，司馬元顯說︰「我不過是被王誕、張法順所迷惑耽誤罷了。」
初四，朝廷恢復隆安年號。安帝派侍中到安樂渚（渚，水中的小洲，在新亭之東）去慰勞桓玄。桓玄進入京師，宣稱皇帝下詔書，命令解除戒嚴。朝廷任命桓玄統領文武百官，都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧，兼任徐、荊、江3州刺史，加授給他黃鉞。桓玄任命桓偉為荊州刺史，桓謙為尚書左僕射，桓修為徐、兗2州刺史，桓石生為江州刺史，卞範之為丹陽尹。至此，東晉王室盡在桓玄的掌控之下。
初五，有關部門呈上奏章，指責會稽王司馬道子放縱酗酒，忤逆不孝，應該斬首棄尸示眾。東晉朝廷下詔，命令將他趕出京城（今南京），貶逐到安成郡（今江西安福）居住；把司馬元顯及其兒子東海王司馬彥璋和譙王司馬尚之，以及庾楷、張法順、毛泰等人，押到建康城的街市上，全部斬首。
這年，安帝改年號大亨。桓玄改任太尉、都督中外諸軍事、揚州牧，兼任豫州刺史，統領文武百官。任命瑯邪王司馬德文為太宰。
四月，太尉桓玄出都城建康，去姑孰駐扎，辭去了錄尚書事的官職，安帝下詔同意，但是凡是大政方針，都要去桓玄那里請示，其他小事由尚書令桓謙和卞範之決定。？