（4）即位吳王
至正十一年（1351年）五月，韓山童（韓林兒的父親）與劉福通、杜遵道等在潁上（今屬安徽）發動起義，韓山童被捕遇害，韓林兒隨母逃往武安，劉福通等攻克潁州（今安徽阜陽）。至正十五年（1355年）春，劉福通等迎韓林兒至亳州（今安徽亳州），立為帝，稱小明王。國號大宋，年號龍鳳，以亳州為都城。
至正二十三年（宋龍鳳九年、1363年）二月，張士誠部將呂珍圍攻安豐（今江蘇興化市），殺劉福通，逼走韓林兒，張士誠自稱吳王。韓林兒被名義上尚屬大宋政權的朱元璋救出，安置在滁州（今安徽滁州），雖然仍被奉為皇帝，但從此受朱元璋挾制。
張士誠泰州（今江蘇泰州市）人，小名九四，出身為為運鹽工，由于不堪鹽官壓迫，1353年與其弟張士義、張士德、張士信與鹽販李伯升等18人起兵反元，不久便攻下泰州、興化、高郵等江北重鎮。于1354年在高郵稱誠王，建國號為周，以天祐為年號。1356年，移都平江（今蘇州）。1363年，張士誠在幫助元朝消滅了劉福通後，自認為有功，要挾元朝賜封王爵，未能如願。九月，再度叛元自立，在平江自稱吳王。
至正二十四年（1364年）正月，李善長等率群臣勸進，朱元璋先是不同意，固請，于是36歲的朱元璋在南京乃即吳王位，建百官（此時，他參加紅軍只有短短的12年）。以李善長為右相國，徐達為左相國，常遇春、俞通海為平章政事。立長子朱標為世子。仍以龍鳳紀年，以「皇帝聖旨，吳王令旨」的名義發布命令。因1363年張士誠早已自立為吳王，故歷史上稱張士誠為東吳，朱元璋為西吳。
至正二十六年（1366年）十二月，朱元璋派遣廖永忠接韓林兒至應天（今南京），途經瓜步（今江蘇**縣南瓜埠），沉之江中，韓林兒卒，宋亡（龍鳳政權結束）。後世多認為此乃朱元璋授意所為。
韓林兒死後，朱元璋以明年為吳元年（1367年），建廟社、宮室，祭告山川。所司進宮殿圖，朱元璋命去雕琢奇麗者。著手建造應天府城，作新宮于鐘山之陽。次年，建成皇宮三大殿及太廟、社稷壇。
至正二十七年（1367年）九月初八，朱元璋率軍攻入平江城，張士誠則展開巷戰相抵抗。最後，張士誠被俘，解往應天。朱元璋問話，他不搭理；李善長問他，他則破口謾罵。朱元璋氣極，命手下衛士以亂棍打死（一說自縊死），連尸骨都燒成灰，張士誠時年47歲，東吳滅亡。
（5）建立大明
韓林兒死後，朱元璋成為最高領導，他在南征浙東方國珍、福建陳友定的同時，派出大軍北伐中原，發布告北方官民的文告。文告提出︰「驅逐胡虜，恢復中華，立綱陳紀，救濟斯民」的綱領，對北方人民反抗民族壓迫頗具號召力。
至正二十七年、吳四年（1367年）十二月，中書省左丞相宣國公李善長率文武百官奉表勸進︰「開基創業，既宏盛世之興圖，應天順人，宜正大君之寶位。……既膺在躬之歷數，必當臨御于宸居，伏冀俯從眾請，早定尊稱。」
按祖宗的規矩，朱元璋自然三請三謝，三進三辭，以表虔誠倨恭。奉表10天之後，朱元璋率文武百官祭告上帝︰「惟我中國人民之君，自宋運告終，帝命真人于沙漠……今運亦終。其天下土地人民，豪杰分爭。惟臣帝賜英賢，為臣之輔，遂戡定諸雄，息民于田野。……必欲推尊帝號，臣不敢辭，亦不敢不告上帝皇尊。是用明年正月4日于鐘山之陽，設備儀，昭告帝尊，惟簡在帝心。如臣可為生民主，告祭之日，帝尊來臨，天朗氣清。如臣不可，至日當烈風異景，使臣知之。」
元至正二十八年正月初四、明洪武元年（1368年）正月二十三日這天，天朗氣清，和風柔雲，紫氣東來，大明王朝，開國大吉。40歲的朱元璋告祀天地，于應天南郊登基即皇帝位，建國號明，建元洪武，是為明太祖。以應天為南京。追尊高祖考曰玄皇帝，廟號德祖，曾祖考曰恆皇帝，廟號懿祖；祖考曰裕皇帝，廟號熙祖，皇考曰淳皇帝，廟號仁祖，妣皆皇後。立妃馬氏為皇後，世子朱標為皇太子。以李善長、徐達為左、右丞相。
二月，定郊社宗廟禮（帝王的宗廟制是天子七廟，諸侯五廟，大夫三廟，士一廟，庶人不準設廟），歲必親祀，以為常。三月，稱南京為應天府。詔儒臣修女誡，戒後妃毋預政（由于「女誡」嚴明，所以在明朝，幾乎沒有後宮干政的事件發生）。八月建都，稱南京。南京的名稱就此載入史冊。並仿古代兩京制，以應天府為「南京」，開封（汴梁)為「北京」。十一月，稱京師。直到永樂元年（1403年）仍稱南京。
自洪武元年（1368年）起，明朝又進行了長達22年的統一戰爭。五月，朱元璋親至汴梁(今河南開封)督戰。七月，徐達率領的北伐軍逼近大都（今北京），元順帝攜後妃、太子倉皇出逃上都（今內蒙錫林郭勒盟正藍旗政府所在地），統治中國98年的蒙元被趕出了中原，元朝覆亡。八月，明軍攻克大都。改大都路曰北平府。
此後，統一戰役仍在繼續。同年，湯和率領的南征軍滅方國珍、陳友定，福建、兩廣盡入版圖。洪武三年（1370年），陝西平定，北方全入版圖；洪武四年（1371年），四川平定；十四年（1381年）平雲南；二十年，平山西、陝西以及東北；至二十二年，全國基本統一。
洪武二年（1369年）正月，立功臣廟于雞籠山。同時，朱洪武詔曰︰「朕淮右布衣，因天下亂，率眾渡江，保民圖治，今十有五年。荷天眷佑，悉皆戡定。」也就是說，經過15年的征戰討伐，朱元璋終于實現了自己「驅逐胡虜，恢復中華」的夢想，從一個放牛娃、小行僧、成為大明王朝的開國皇帝。三月，編撰《祖訓錄》，確定封建諸王的規制。八月，《元史》編撰完成（元朝滅亡的當年，明太祖朱元璋就下令編修元史。第二年，以李善長為監修，宋濂、王為總裁，趙壎等16人為纂修，開局編寫。僅用188天的時間，便修成了除元順帝一朝以外的本紀、志、表、列傳共159卷。接著又讓歐陽佑等12人四出搜集元順帝一朝的史料，于洪武三年（1370年）二月六日重開史局，仍以宋濂、王為總裁，率領趙塤，朱右、貝瓊等15人參加編寫，用143天，七月初一書成。增編順帝紀10卷，增補元統以後的《五行》、《河渠》、《祭祀》、《百官》、《食貨志》各1卷，三公和宰相表的下卷，《列傳》36卷，共計53卷。然後合前後二書，按本紀、志、表、列傳厘分後，共成210卷，也就是現在的卷數。兩次纂修，歷時僅331天。
同年，明太祖遣使持金印文誥，封王顓為高麗國王。高麗始用洪武年號，對遼東元朝來使稱北元。由于形勢改變，帝都問題再度提出。朱元璋力排眾議，據南京形勝之地，虎踞龍盤，足以立國。且臨濠前臨長江後倚淮水，地勢險要，運輸方便。遂決定以臨濠（今安徽鳳陽）為中都，動兵修築城池宮闕。這里是朱元璋的家鄉，群臣豈敢有異議？這樣，明初就形成了南北兩京、中都並存的情況。他之所以決定以臨濠為中都，甚至一度想遷都臨濠，除了這里是他的家鄉，還與優待淮西功臣集團有關。
洪武二年（1369年）九月，朱元璋下令仿照南京規制在臨濠（今安徽鳳陽）營建中都。由左丞相李善長負責，大將湯和等督領大批軍隊與工匠民夫修建宮殿、城池、街道、橋梁、寺廟等工程。經數萬軍民近6年的勞作，至洪武八年（1375年）四月，中都已經初具規模，朱元璋親至中都「驗功勞賞」。奇怪的是在他20多天的視察後，突然宣布中止中都的建設，理由是「以勞費罷之」（《明太祖實錄》）。洪武十一年（1378年）才改南京為京師，正式定都。
據史料記載，朱元璋于1366年開始修築應天府城，至1386年建成，歷時21年。明代南京城為四重城垣︰宮城、皇城、都城及外廓。內為宮城，亦稱紫禁城。皇城之外曰都城，周長48公里。其外郭，洪武二十三年（1390年）四月建，周180里。可見當時的南京城已經具有相當規模。
京都雖然確定，但朱元璋並未放棄遷都西北的雄心，選擇的重點仍是長安和洛陽。洪武二十四年（1391年）八月，特派皇子朱標巡視西北比較兩地形勝。太子回朝後，晉獻陝西地圖，提出了自己的意見主張。不料第二年四月，太子薨逝，遷都大事再次擱淺。這年朱元璋已經65歲，從此不再輕談遷都之事。
洪武三年（1370年），朱元璋追封郭子興滁陽王，立廟滁州。並手書郭子興事跡，立碑廟中，令有司歲時奉祀，以報知遇之恩。郭子興有3子，長子陣亡；次子郭天敘、3子郭天爵均為反元戰將，後與朱元璋反目被殺。養女被封為皇後；另一女封為惠妃，生3子，分別封為蜀王、谷王、代王。
四月，封皇子樉為秦王，?晉王，棣燕王，橚吳王，楨楚王，榑齊王，梓潭王，杞趙王，檀魯王，從孫守謙靖江王。元順帝也在這年死于應昌（今內蒙古克什克騰旗西北達里諾爾西），子愛猷識理達臘嗣位。
朱元璋稱帝後，便在全國範圍內大量拉攏士大夫參加各級政權，洪武十九年（1386年），朱元璋選取應天各府、州、縣士大夫到南京做官，共1400余人。洪武三十年（1397年），明政府調查浙江等9個布政司，直隸、應天18個府州，田地在700畝以上的地主，共14000余戶，編成花名冊，準備分批召見錄用。
據有關資料，明朝政府的中央官制，在洪武初年，仍沿襲漢唐舊制。後來隨著明太祖統治力量的逐步加強，洪武二十八年（1395年）六月，自己制定了一套新制度。明朝的官制大致分以下幾類︰
第一類，三公、三孤。三公︰太師、太傅、太保（正一品）。三孤︰少師、少傅、少保（從一品）。三公三孤是職掌「佐天子理陰陽，經邦弘化」的重要官職。
第二類，六部。吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部（按順序）六部各設尚書一人，直接對皇帝負責，尚書之下有左右侍郎（副部長）、郎中（司長）、主事等。吏部︰負責官吏的管理，考核，升遷等。戶部︰分別管理各地的收支與報銷。禮部︰主管國家凶吉大典，教育與考試，招待外賓，宴勞功臣等。兵部︰管理天下軍政（軍令由五軍都督府管理）。刑部︰主管全國刑罰政令及審核刑名的機構。工部︰管理建築、後勤、水利、制造等。