第三類，督察院。直屬于皇帝的監察部門，下設左右督御史（正二品）、左右副督御史（正三品）、左右僉督御史（正四品）再往下設13道監察御史，分管每個省的檢查工作（當時中國分13個省）13道監察御史與直屬于皇帝的六科給事中，統稱「科道」屬于言官範疇。
第四類，六科。分為吏、戶、禮、兵、刑、工六科，每科設督給事中（正七品）、左右給事中與給事中（從七品）。給事中品級雖低，權利很大，皇帝交給各個衙門辦理的工作由六科每5天注銷一次，如果有月兌拉或者辦事不力的，六科可以向皇帝報告。六科還可以參與官員的選拔，皇帝御前會議，審理有罪的官員。最為重要的是六科有封還皇帝敕書的權利，皇帝的旨意如果六科認為不妥可以封還，不予執行。
第五類，五寺。五寺是五衙門的簡稱，包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺。大理寺，相當于今天的法院，是全國最高上訴機關。與督察院、刑部構成了三法司。太常寺，主管祭祀；光祿寺，主管宴享；太僕寺，管馬；鴻臚寺，管招待外賓。
第六類，詹士府。詹士府是負責輔助太子的機構設正三品詹士一人，正四品少詹士一人，正六品府丞一人。詹士府設左右春坊，司經局，主簿廳。
第七類，太醫院。太醫院是管理宮廷及貴族診斷，制藥的，設正五品院使一人，正六品院判二人，正八品御醫四人，從九品吏目若干人。
第八類，翰林院。相當于現在國立大學、干部學院等的綜合，翰林院的首長稱為翰林學士（正五品），侍讀學士兩人，侍講學士兩人（從五品），侍讀、侍講各兩人（正六品），修撰（從六品），考中狀元後就會被授予此職位。編修（正七品），榜眼、探花考中後就會被授予此職位。
第九類，宦官機構。此外還有在都城的其他機構、衛所和五軍都督府等，恕不贅述。
明初，朱元璋為了使江山永固，恢復了周代的分封制度，將自己的24個兒子和1個從孫封為親王，分駐全國各戰略要地，並且統領軍隊，以北方的9個邊塞藩王統兵最多，燕王朱棣即為其一。由于藩王的權力過大，明太祖在世時，曾有言官上書，以晉八王之亂為例，指出太祖分封存在的隱患。但是太祖並不介意。至太祖暮年，諸王的兵權日盛，尤以燕王朱棣、寧王朱權為最。
皇太孫朱允炆曾經憂慮，一旦祖父駕崩，自己如何來制約這些手握重兵的叔叔。果然，明太祖死後只有4年，朱允炆政權就被四叔朱棣推翻，而且朱棣一上台，就消除了藩王的兵權，至明中葉之後，藩王只有虛號，而無實權。明史說這些藩王們「一旦盜起，無以御侮，徒手就戮」，這恰恰是朱元璋封建之初所不能預料的。
為削弱將領的軍權，于洪武十三年設五軍都督府。朱元璋實行安養生息的經濟政策，采取獎勵墾荒，實行民屯、軍屯、商屯等屯田制度，興修水利，在全國推廣桑、麻、棉等經濟作物的種植等一系列有利于恢復和發展農業生產的措施，成功地使明社會經濟較快地得到了恢復和發展。
他還下令清丈土地，編制賦役黃冊、魚鱗圖冊（記載田畝面積方圓，編列序號，和田主姓名制成文冊），建立里甲及糧長制，把農民束縛在土地上。他的限制和打擊舊豪族地主、規定工匠輪班制、放松對手工業者的人身控制等政策，對恢復和發展農業和手工業生產也起了促進作用。為充實官僚機構，朱元璋采取薦舉、學校、科舉三途並用的辦法選取官吏。
（6）嚴誅貪官
朱元璋出身貧苦，討過飯、當過和尚、打過雜役，深知百姓的疾苦，他對貪官污吏恨之入骨。鑒于元代官吏貪污**以至亡國的教訓，決意整頓吏治。甚至以剝皮囊草來懲辦貪官污吏，辦法之嚴酷為歷史上所罕見。他的厲行整頓雖有一定效果，但因其性格猜忌多疑，也濫殺了不少無辜。
為懲治貪官，他發明了一種「剝皮實草」的刑法，即剝下貪官的人皮，在皮囊內填充稻草和石灰，然後高懸于公堂之上，以示儆告。可見其整肅貪官的決心。當然，這種手段在今天看來太原始落後，也過于殘酷和不人道。
朱元璋稱帝30年間，先後懲辦了不少貪官污吏。僅在洪武九年（1376年），將有罪官吏發往安微風陽屯田者萬余人。
朱元璋曾詔令天下︰「奉天承運，為惜民命，犯官吏貪贓滿60兩者，一律處死，決不寬貸。」並稱︰從地方縣、府到中央六部和中書省，只要是貪污，不管涉及到誰，決不心慈手軟，一查到底。他敢于拿自己身邊的「大干部」開刀，包括開國功臣朱亮祖和他的駙馬歐陽倫。
朱亮祖，六安（今安徽六安）人。元末曾是「義兵」（地主武裝）元帥，被朱元璋所俘，遂投降，成為朱元璋帳下的虎將之一。參與攻滅陳友諒、張士誠等戰役，屢建戰功。洪武元年（1368年），隨廖永忠取兩廣。洪武三年（1370年)封永嘉侯。後出鎮北平（今北京）、廣東，以「所為多不法」，被朱元璋派人赴廣東捉拿歸案。洪武十三年（1380年）九月初三，朱亮祖及其子廣東衛指揮使朱暹，被押到南京，受鞭刑死。朱亮祖死後，朱元璋為撫慰他人，仍命以侯爵之禮安葬，並親撰墓志，評價其一生功過。洪武二十三年（1390年）再次大肆清查胡黨之時，朱亮祖被除爵，其次子朱昱亦被誅。
歐陽倫是朱元璋和馬皇後親生女兒安慶公主的駙馬，進士出身，曾官任都尉。洪武三十年（1397年），他憑著自己的勢力派手下走私茶葉。明初茶禁異常嚴格，而歐陽倫多次派遣家人偷運私茶出境販賣，從中牟取暴利。同時，歐陽倫還對百姓萬般騷擾。一次，他販運私茶過甘肅蘭縣（即今蘭州）河橋巡檢司，竟捶辱司吏，司吏不堪忍受，將其告發。朱元璋听說此事後大怒，不顧馬皇後與公主的說情和哀求，將駙馬歐陽倫賜死。由于陝西布政使明知駙馬利用職權擅自役使吏民販運私茶，觸犯法令而不舉報，並且還為他辦挾公文，起車載運，朱元璋也將他賜死。而對于勇敢揭發駙馬罪行的小吏，朱元璋極為贊賞他這種「不避權貴」的可貴精神，還特地「遺使齎敕嘉勞之。」
洪武十六年（1383年），刑部尚書開濟接受一死囚家賄銀萬兩，用另一死囚做替死鬼。他還勒索其他罪囚家人錢物，一家20口人全部「畏罪自殺」。
洪武十八年（1385年），工部許多官員借營建宮廷之機，采取虛報工匠工役人數天數多領工銀，發放時克扣工匠銀兩私吞。朱元璋在一次突擊檢查中就查處侍郎韓鐸、李楨貪污受賄案，並且帶出中央專門派去監督工部的工科給事中。
同年，明太祖查處戶部侍郎郭桓貪污案。結果被追贓糧700萬石，此案除郭桓及戶部官員外，又涉及禮部尚書趙瑁、刑部尚書王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麥志德等，並處死。
洪武十九年（1386年），禮部侍郎章祥，伙同員外郎辛欽，竟然私自侵吞皇帝賞賜公主婚禮的銀兩，也被朱元璋拿了個正著。刑部郎中、員外郎受賄虛報死亡並私放兩死囚。這些人都被朱元璋斬首。
洪武二十五年（1392年），戶部尚書趙勉伙同老婆內外受賄十幾萬銀兩東窗事發，結果夫妻二人雙雙被斬。
朱元璋用了近兩年時間，制定了整肅貪污的綱領——《大誥》一書。這是他親自審訊和判決的一些貪污案例成果的記錄，書中還闡述他對貪官態度、辦案方法和處置手段等內容。從登基到「駕崩」，他「殺盡貪官」的運動一直在進行，但貪官現象始終沒有根除。他晚年只能發出「為何貪官如此之多，早晨殺了，晚上又生一撥」的哀嘆。
朱元璋創建明朝後勤奮治國31年，整肅吏治，嚴懲貪官，創立衛所，鞏固邊防，重視農業，對社會的穩定，國家的統一和發展，都起了積極作用。