長期的野外生活，使得他身心疲憊，顏色憔悴，面容枯槁。到了夏天，又患上痢疾，但因害怕被發現，不敢出山覓食、求醫，狼狽到了極點。這時史彬等3人趕來，境況頓時改善。幾天後，3人離別，抱頭痛哭一場。建文帝交代，今後不必再來，一則道路艱險，二則關津盤查嚴密。
建文帝究竟是**而死，還是由密道逃離皇宮去了他鄉呢？史學專家對此各執一詞，600多年來尚無定論。清人編修《明史》之時，明史館中諸史臣即對此意見不一。有人認為，隨著對建文帝出亡問題研究的不斷深入，對史料掌握的不斷增多，相信建文帝未**而是出亡的人漸多。
其實，迄今為止，600多年來人們研究建文帝的下落，大都沒有離開《明史-恭閔帝本紀》中表述的範疇︰
「宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝後尸于火中，越八日壬申葬之。」
「或雲帝由地道出亡。正統五年。有僧自雲南至廣西，詭稱建文皇帝。恩恩知府岑瑛聞于朝。按問，乃鈞州（今河南禹州市）人楊行祥，年已九十余，下獄，閱四月死。同謀僧十二人，皆戍遼東。自後滇、黔、巴、蜀間，相傳有帝為僧時往來跡。」
下面有三種說法大都源出于此︰
一是避難雲南說（「滇」）。根據當地資料記述，建文帝從宮中出逃後，來到了雲南。當時鎮守雲南的，是鎮國公沐英的三兒子沐晟。建文帝從小和沐晟要好，到了昆明後，找到了沐晟，沐晟和建文帝從小情同手足，但迫于明成祖朱棣的權勢，只好采取了折中的辦法，把他偷偷送到離昆明100公里的武定府，讓知府薩周妥為護衛，薩周于是就把建文帝安排到了山高林茂、非常利于隱蔽躲藏的獅子山。
在朱棣死後，建文帝年紀也大了，思鄉心切，心想在位的英宗皇帝朱祁鎮（年號正統）是晚輩，不應該有加害之理，就取道回京。當時，正統帝難辨其真假，就讓先前侍奉過建文帝的太監來辨認。建文帝一口就叫出那太監的名字，並說出該太監在宮中一次吃飯時掉了塊鵝肉，急得自己趴著吃了的情景，太監大驚，斷定他就是建文帝。正統皇帝就將建文帝迎到西宮奉養。一年後建文帝病故，享年64歲。
二是避難貴州說（「黔」）。建文帝出逃後，曾在貴陽題過兩首詩，這與他後來所作的詩文相對照，可判定他到過貴州。據了解，在《明史紀事本末》一書中,曾多次記載他落魄的情形。其中,書中記述他曾到貴州金竺(今貴陽)長官司羅永庵，在庵壁上題詩兩首，慨嘆自己的流亡生活。
其一為︰「風塵一夕忽南侵,天命潛移四海心。鳳返丹山紅日遠,龍歸滄海碧雲深。紫薇有象星還拱,玉漏無聲水自沉。遙想禁城今夜月,六宮猶望翠華臨。」
其二為︰「閱罷楞嚴磬懶敲,笑看黃屋寄團瓢。南來瘴嶺千層迥,北望天門萬里遙。款段久忘飛鳳輦。袈裟新換袞龍袍。百官此日知何處？唯有群烏早晚朝。」
後來，據說建文帝回到了京城，又作詩一首︰
「牢落西南四十秋，蕭蕭白發已盈頭。乾坤有恨家何在？江漢無情水自流。長樂宮中雲氣散,朝元閣上雨聲收。新蒲細柳年年綠，野老吞聲哭未休。」在這首飽含滄桑的詩中，曾提到「西南」一詞。如把「西南」與前兩首詩的所題之地相對應來看，建文帝無疑到過貴州。
三是避難四川說（「巴、蜀」）。青川華嚴庵確為明代建文帝在四川的避難所，四川省文物考古所、四川大學的資深專家學者們實地考察後這樣認為。華嚴庵位于青川縣青溪鎮以南7.5公里的蓮花山上，佔地面積超過100畝，東西兩面是草木叢生的山溝，西側山溝內有巨石壘砌的雙層中空明代石牆。
四是避難江蘇說（江蘇吳縣說）。《文匯報》的記者徐作生親自到江蘇吳縣去考察，發現了建文帝出亡時遺留下的一些遺跡、遺物，並結合文獻資料，認為建文帝當年藏于吳縣普濟寺內，不多久姚廣孝歸隱禪寺，在姚廣孝的監護下，建文帝隱藏于穹窿山皇駕庵，直到永樂二十一年（1423年）病殞（y n）于此，終年46歲，葬于庵後山坡上。
五是避難江西說，明建文四年(1402)，應天(今南京)發生「金川之變」，燕王朱棣以「靖難」為名，率軍攻入京城，建文帝神秘失蹤。現有人考證出了湘潭錦石何氏始祖何必華即是明建文帝朱允文，建文大將何福直接策劃和組織了救主行動。永樂二年(1404年)，何福之弟何祿，攜子魁二、魁五與何福季子魁六，祖籍湘潭、原任左軍都督顧成之孫顧興國，戰歿鄱陽湖的旗武將軍齊成之子、千戶齊興(世界文化名人齊白石宗族之始遷湘潭祖)，護送建文帝朱允文由江西撫州臨川來湘潭，護送人的眷屬亦在隨行之列。朱允文始藏銀塘，先後移居縣城東隅之金泥灣和西鄉之碧泉，改姓名為何必華，字汝川，娶銀塘四甲土著何氏何惠之長女為妻，終年87歲。
還有一個比較有力的說法。一位高僧名溥洽者，為帝剃度，此說見于正史，《明史-姚廣孝傳》︰「初，帝（朱棣）入南京，有言建文帝為僧遁去，溥洽知狀，或言匿溥洽所。帝乃以他事禁溥洽；而命給事中胡等遍物色建文帝，久之不可得。溥洽坐系十余年，至是，帝（朱棣）以廣孝言，即命出之。」這是建文帝出家遁去，最有力的一個證據。成祖為絕天下人懷念故主之心，明知建文帝未死，而故意說他闔宮**；這樣就不能承認建文帝做了和尚，自然也不能課溥洽以私助建文帝出亡的罪名，因而「以他事」收捕溥洽下獄。
另外，近幾年有人自稱建文帝後人，獻出《讓氏家譜》（讓姓由來︰一說明惠帝因燕王棣造反，焚宮時逃亡而出。其後，滇、黔、巴、蜀間，皆傳有帝為僧時往來跡，世遂以帝為遜國雲。遜者，讓也，讓之肇姓，實取義于此。），稱建文帝通過地道逃離南京，假扮僧道，雲游各地，後隱居于武昌，死後就葬在武昌洪山。當然，這一說法還有待于進一步的考證。
此外，還有避難浙江說、青海說、泉州說等等。可以看出許多「說」都是基于《明史-恭閔帝本紀》中的表述，或從中衍生出來的，有的純屬民間傳說。
導游認為，這些說法都是說說而已，認真不起來，也沒必要去認真。但是有一點是必須注意的，那就是建文帝的**說、出逃說，與朱棣身世的後出（即皇後所生）、妃出（妃子所生），有相應的關系。凡是認為朱棣是後出的，一般同意建文帝的**說，這樣誰都無話可說，一了百了，朱棣作為朱家的正宗血統，繼皇位無可爭議。建文帝**死了，死無對證，也決不會有人前來討伐朱棣。這也是朱棣最願意看到的結果。凡是認為朱棣是妃出的，一般接受建文帝的出逃說，希望建文帝活著，伺機重率討虜大軍，奪回失去的皇位。
有人提出了這樣一種假設︰那就是在城破之前，朱棣完全有可能派人對建文帝進行暗殺，這樣最有利于他登上皇位。因為只有建文帝的死才能讓他才有機會登上皇帝的寶座，因為朱棣發動的是「靖難之役」，打的是「清君側」的大旗，如果建文帝還活著他最多也只個輔政大臣，如果他廢掉建文帝，自己再做皇帝，他就真正成了亂臣賊子，會遭到天下的反對；如果留著建文帝，盡管是讓他做傀儡皇帝，自己掌握實權，朱棣也決不會甘心，自己辛辛苦苦打到南京，目標就是做皇帝，而決不會甘心僅僅作個權臣。可以這樣想象，深謀遠略的朱棣在攻打南京前就已經考慮好處置建文帝的最佳方法，那就是在城破時派一只心月復的小部隊趁混亂闖進皇宮，殺死建文帝，再造成建文帝**的假相，再宣告天下，然後就可以打著國不可一日無君的幌子，堂而皇之的做皇帝去了。
大家不妨想一想，這種可能性存不存在？會不會永遠無人知曉？如果某人做了一件事情能夠做到永遠無人知曉，那麼，任何我們不知曉的事情都可能存在，也就是說，後人對建文帝的任何一種猜測和判斷都可能是正確的。顯然這種推斷也存在。