()王敦的部隊進展神速，正月十四起兵，到陽ch n三月時已抵達石頭城下（建業西面的軍事要塞）。陶侃甘卓等人已經攻下武昌，兩軍總兵力只有一萬人，後方的這點威脅對王敦來說只能說聊勝于無，遠水救不了近火；況且王敦還派表弟魏乂率兩萬人攻打長沙，這兩萬人對晉軍的牽制作用非常明顯。
關鍵時刻，司馬睿不得不啟用王導，他不僅恢復了王導的官職，還把虎符交給了他，令加前鋒大都督一餃，節制前線所有部隊；然後派周札駐守石頭城，劉隗守衛金城（南京周圍的軍事要塞），以抵擋王敦的進攻。王敦這個軍餃很有問題，名義上為總司令，實際上任何部隊都不受他指揮；王敦也懶得管，一邊是堂兄，一邊是皇帝，兩頭都不好得罪。
在先攻哪城的問題上，王敦听從部將杜弘的建議，攻下了石頭城。石頭城失守，通往建業的最後一道屏障煙消雲散，此時的建業猶如一個嬰兒無助地暴露在強盜面前。元帝接到戰報，極為震驚，他召集南京城里所有部隊（包括皇宮禁軍），交到刁協手上，命他和戴淵以及劉隗三路合擊劉敦。
此三人都是文臣出身（戴淵接替祖狄之前，一直在朝為官），當然不是科班出身的王敦的對手，王敦毫不猶豫，分三路出擊，用漫山遍野的尸體和四處流淌的赤s 血河，給三人上了一堂生動的軍事實踐課。
城外慘敗，東宮司馬紹坐立難安，他披上盔甲，率領東宮的護衛隊，直奔城門而去，戰馬沒跑出去多遠，老師溫嶠喊住了他，溫嶠快步追上司馬紹，劈頭就是一通狠批︰「你可是國家的儲君！帶兵打仗是你的職責嗎？大敵當前，不思退敵之策，卻要出去送死！」
溫嶠的一番話很有效果，它為東晉留住了一位明君。
劉隗等人經過一番拼死作戰，好容易回到建業，他們顧不得清理沾滿血污的盔甲，徑直來到皇宮，司馬睿面前。
「陛下！臣等作戰不利，請陛下責罰！」
「罷了罷了！」皇帝扶起兩人，「叛軍兵勢浩大，不是你等可以退敵的。」
劉隗道，「陛下，王敦賊子是沖臣來的，請陛下賜臣一死，建業之圍或可解矣！」
「你怎麼就不明白呢？」司馬睿嘆口氣，「王敦發兵的目的是朕，是朕的天下！你就是死上一千次，一萬次，王敦都不可能退兵！兩位愛卿的忠心，朕再清楚不過，你們為臣者的責任已經盡到，車馬侍從朕都給你們安排好了，速速逃命去吧！」司馬睿揮揮手，大步踏入內室。
事已至此，跑吧！刁協行至江乘（今江蘇句容北），被屬下所殺；劉隗逃到後趙，官至太子太傅，後隨石虎征前趙，戰死于潼關，卒年六十一。
當初，王敦是打著「清君側」的名義發兵的，現在劉隗逃入趙國，如果王敦還咽不下這口氣，盡可以去找石勒要人。假設單純按照當初的意圖，王敦應該撤兵才是，可他非但沒撤軍，反而縱容部下進入建業城大肆搶劫，不僅搶普通百姓，連朝廷官員也不放過。如果說王敦此前還披著一只羊皮，那麼至此，這匹狼的鋒利獠牙終于徹底暴露。
皇帝的x ng命完全掌握到王敦手上，做伊尹還是王莽，全在他一念之差。迫于王敦的巨大威脅，司馬睿帶領百官去石頭城「拜見」王敦——臣下被皇帝參拜，千古奇聞！王敦終于看到了他期望的結果︰
連皇d d 向自己臣服，能有什麼比這更刺激？
令他郁悶的是，這些人雖然表示服從他，卻無一人面露謙卑之s ，羞辱了戴淵等人一番後，他認識到，司馬睿殺不得，否則，他會成為全天下的敵人！既然皇帝動不得，那麼皇太子呢？
眾臣堅定地告訴他︰「不行！」
盛怒之下，王敦殺了戴淵和周顗（yi）。
死訊傳到武昌，甘卓極為憂慮，大軍一時進退維谷，甘卓想馳援建業，卻投鼠忌器，皇帝就在王敦手上，這次只是戴、周二人，甘卓揮師東進，一旦逼急王敦，下次就是司馬睿。大軍逡巡不前，從武昌到豬口用了足足四十天時間，豬口的具體位置不祥，據推測，應該離武昌不遠，王敦用了兩月時間從武昌打到建業，甘卓的優柔寡斷可見一斑。
考慮再三，甘卓接受了王敦的建議，撤軍襄陽，再作打算。從當時的局勢來看，王敦的戰線長達千里，甘卓完全有能力選擇一個薄弱點，繼而突破，將叛軍一分為二，彼時，武昌和建業將失去聯系，然後集合行軍途中的各地勤王部隊，叛亂旦夕可平。
甘卓擔心皇帝，部屬們則苦苦勸告他，千萬不能西進襄陽，如此一來，晉室比之現在將更加危險！甘卓卻一意孤行，史書記載甘卓，「為人有雅量，謙遜平和」。關鍵時刻，甘卓掉了鏈子，突然變得剛愎自用，強橫暴虐。儼然一個人格分裂癥患者。
甘卓剛到武昌時，建業尚未失陷，戰機稍縱即逝，更何況長達四十天！當甘卓移師襄陽時，他得到消息︰建業失守。因為擔憂皇帝的安危，所以不敢冒進；如今卻把皇帝推向了更為危險的境地。
除去甘卓，王敦的戰線上還有一個不大不小的威脅︰長沙。說不大，是因為從地理上看，長沙與建業相去甚遠，也不在王敦的行軍路線上；但是也不小，有這麼一顆釘子楔在王敦後方，隨時可以向北攻打荊襄地區，那可是王敦的老家！
因此，王敦分兵兩萬攻打長沙。長沙守將是王氶（cheng），長沙將士不多，糧食更少，城池也不堅固，一個城池，這最基本的三要素一個都不具備，怎麼守？王氶趕緊派部將鄧騫向甘卓求救，甘卓當時正在武昌附近轉圈圈，不僅沒搭理王氶，反而想留下鄧騫（不帶這麼挖牆腳的）。
友軍靠不住，王氶索x ng橫下心來︰大不了與長沙共存亡！他親自帶頭修城牆，與將士們同甘共苦，抵擋住了魏乂的一**攻勢，直到一封信sh 入城中︰建業失守！
王氶慟哭一番後，寫了封信，並親自sh 入城下︰上至本將軍，下至百姓，長沙人誓除王敦反賊！魏乂看完信勃然大怒，大大加強了攻勢，他把部隊分成兩撥，r 夜攻城。苦戰一百余r 後，長沙終于告破。王氶等人盡數被俘，後被殺于押送途中。
武昌、長沙，王敦的兩個心月復大患逐一被除去，他終于得以獨攬朝政。司馬睿成了一個空殼皇帝，無限憤懣之下，他干脆退居二線，讓太子司馬紹總領朝政，其實就是讓兒子接替自己的傀儡位置，代己受過。
公元322年六月十一r ，年僅24歲的太子司馬紹登基，史稱晉明帝（對于明帝的即位問題，史書頗有爭議，筆者認為明帝登基（322）先于元帝去世（323），故元帝應為禪讓）
司馬紹面臨的情況比他爸登基時好不了多少。一個是江東士族的蔑視，一個是中原大族的逼迫沒，都不好受。難父難子啊（明帝的苦難遠甚于元帝）！
王敦沒有因為新皇帝的原因有所收斂，反而有變本加厲之勢。四方進貢的奇珍異寶全部進了他的腰包；而且擅自撤換百官，到處安插王氏族人，江南士族幾乎被逐出朝野。王導身為丞相，卻對此睜只眼閉只眼，王導的默許態度素為世人詬病。
東晉的江山雖然還姓司馬，實際與王無異。
事情發展到這個局面，不得不讓人回想起王衍那段評論和「狡兔三窟」的故事。