袁世凱心中燭然，抗旨不遵、不派兵或故意遲滯進兵，不會不使朝廷特別是慈禧太後有感覺。♀特麼對于+我只有一句話，更新速度領先其他站n倍，廣告少他挖空心思想了不少補救辦法。他不願損兵折將去打仗，卻善于搜羅錢財表忠心。慈禧太後西逃後，他一邊上奏叫窮，一邊派騎兵急迫千里送去十萬兩銀子，接濟逃亡中連飯也吃不上的老太後。之後，他又將截存安徽運解北京的餉銀十一萬六千兩、江蘇的五萬零五百兩，一並送去，借花獻佛，向慈禧太後效忠。隨後，又源源不斷送去三十萬兩白銀、幾百匹貢緞和許多珍貴物品。逃亡期間窮困拮據的慈禧太後，見了一大堆白花花銀子和眾多珍品，對袁世凱的不忠疑雲也就隨風飄散。後來，慈禧太後命他向西安送軍火，他立即照辦，非常積極。總之，只要不讓他消耗賴以升官的軍事實力，叫他干什麼都成。清政府與八國聯軍和約將成時，袁世凱表現得異常積極，派部將姜桂題率馬步炮隊北上，駐扎京城周圍，為慈禧太後從西安回鑾肅清障礙。在奉承大清國一號人物的同時，袁世凱還不忘博取其他大臣的好感。他與劉坤一、張之洞一起籌集兩萬五千兩銀子，進奉留京的大臣和追隨慈禧太後逃亡的官吏。袁世凱在如此艱險的情況下，送銀子、送軍火、送安全，其過人才干和耿耿忠心，贏得朝廷上下一片叫好聲，博得「才堪應變」的美名。
光緒二十七年九月二十七日（1901年11月7日），直隸總督兼北洋大臣李鴻章病死。慈禧太後立即下令，由袁世凱署理直隸總督兼北洋大臣，袁世凱接印前由周馥暫時護理這個職位。
十月十一日（1901年11月21日），當山東巡撫不到兩年時間的袁世凱，在唐紹儀等數十人陪同下，由一營親兵護衛，八面威風離開濟南，26日抵達高陽。此時，護理直隸總督的周馥派人攜總督官印也抵達高陽。次日，袁世凱設立香案，舉行隆重的接印儀式。因直隸總督衙門所在地天津仍被八國聯軍佔據，袁世凱決定將總督衙門設于保定。當日，他掛總督印在保定走馬上任。
其實，早在李鴻章病重期間，慈禧太後那雙渾濁的老眼就已四下打量，普天之下，誰堪擔當位同宰輔的直隸總督重任。
八國聯軍入侵前，拱衛京畿的是榮祿統率的武衛軍。現在，這支武衛軍大部已七零八落。在與洋槍洋炮裝備起來的八國聯軍交戰中，聶士成的武衛前軍被全殲，榮祿親率的武衛中軍土崩瓦解，董福祥統領的武衛後軍護送慈禧太後抵西安後因無餉無糧被迫遣散，宋慶麾下的武衛左軍遭重創傷亡過半。大清國最具戰斗力的武衛軍中，逃過八國聯軍炮火之劫，唯一沒有遭受損失的，只有袁世凱統領的武衛右軍。再者，在八國聯軍洋槍洋炮婬威面前完全泄氣的慈禧太後，此時做什麼都得看洋人眼色，確定直隸總督人選，也不能不考慮洋人的態度。締結和約時，聯軍開出一長列「戰爭罪犯」黑名單，原先甚至有她慈禧太後的名字，袁世凱卻沒有列入黑名單，這一點慈禧太後不得不加以考慮。
作為直隸總督人選，實力、忠心、洋人認可，缺一不可。現在，在所有文臣武將中，唯獨袁世凱同時具備這三個條件。李鴻章清楚地看到了這一點。臨終前，他在口授遺囑里保薦袁世凱繼任直隸總督兼北洋大臣之職，聲稱︰「環顧宇內人材，無出袁世凱之右者。」因發熱頭昏而吃了大虧的慈禧太後，靜心想來，覺得袁世凱此人的確是非常之才。她對李鴻章的識人眼光深表贊許。
在袁世凱巧妙操作之下，老太後甚至無法不相信，若是沒有袁世凱就沒有今日的山東，也就沒有今日的中原，沒有今日的東南半壁江山。十月二十八日（12月8日），慈禧太後以袁世凱「共保東南疆土，盡心籌畫」、「卓著勛勞」為由，賞加太子少保餃。人們因此稱袁世凱為「袁宮保」。
光緒二十八年五月初四日（1902年6月9日），年方四十一周歲的袁世凱，春風得意，雙眸生輝。這一天，他被清廷實授為直隸總督兼北洋大臣，躋身封疆大吏之列，坐上大清國總督中的頭把交椅，風風光光地戴上了飾東珠、餃紅寶石的一品朝冠。
光緒二十八年七月（1902年8月），是清政府從八國聯軍手中接收天津的日子。朝廷與洋人都瞪眼看著，袁世凱如何赴天津去做直隸總督。八國聯軍將天津還給大清國，直隸總督衙門也得隨之從保定遷往天津。但辛丑條約明文規定︰八國聯軍交還天津後，清政府不得在天津租界二十公里內駐扎軍隊。天津租界地處市中心，這一規定等于剝奪了清政府在天津的駐軍權，因為租界之外二十公里的範圍，恰好將整個天津都圈劃其中。市區內無一兵一卒是難以維持統治的，到頭來還得由聯軍來維持秩序，直隸總督就得听命于洋人，天津實際上仍在洋人控制之下。清廷和洋人都盯著，看袁世凱如何對付這道難題，看你這個直隸總督怎麼當。然而，接收當日，大出人們意料，三千名全副武裝的巡警跟隨袁世凱，浩浩蕩蕩開進天津城，一半留津，一半接管西沽、塘沽、山海關、秦皇島、北塘等重地，將天津置于有效控制之下。洋人一下呆了，袁世凱哪里變出這麼多警察來？中國迄今為止是沒有一個警察的。他們認為，這些人必系正規軍假冒。然而經過核查，發現這些穿著嶄新警察制服的人，無一冒充，確是熟知警務的現代警察。原來，早在三個月前，袁世凱就想到了這一招，參照外國警察制度，在保定悄然創設了警務總局及五所分局，開辦了巡警學校，招募訓練警員。這些警員原本是訓練有素的新軍官兵，學會警察那一套無需花費多大力氣。由于袁世凱帶到天津的是警察，不是軍隊，外國領事對此找不出任何反對借口。這一招使洋人領教了袁世凱的手段，不得不佩服他的應變才能。袁世凱創辦了中國的巡警制度，並以此為基礎，將現代警察制度推向全省。
光緒三十四年十月二十一日（1908年11月14日）正當壯年的光緒帝先于慈禧太後死去。翌日，年逾古稀的慈禧太後亦病死。臨終前，她留下數道懿旨，授醇親王載灃為攝政王，攝政王之子溥儀為嗣皇帝，她死後軍國大事均由攝政王裁定，重大事件面請皇太後（光緒帝皇後）懿旨。小皇帝溥儀年僅三歲，因此慈禧太後死後，實權落入攝政王載灃手里。載灃早有誅殺袁世凱之心。鎮國公載澤、民政部尚書善耆不約而同向他進言︰「此時若不速作處置，則內外、軍政方面皆是袁之黨羽；從前袁所畏懼的是慈禧太後，太後一死，在袁心目中已無人可以鉗制他了。異日勢力養成，削除更為不易，且恐禍在不測。」他們主張將袁嚴辦。與袁世凱素有怨隙的親貴、大臣紛紛出來推倒牆，無不支持除袁。載灃暗中就此事征求首席軍機大臣奕劻的意見，長期接受袁世凱賄賂、且與之構成政治同盟的奕劻堅決反對，威脅道︰「殺袁世凱不難，不過北洋軍造起反來怎麼辦？」載灃又去听取軍機大臣、太子太保、體仁閣大學士兼督辦鄂境川漢鐵路大臣張之洞的高見，張听了載灃的企圖也直搖頭，說︰「主少國疑，不可輕于誅戮大臣。」這兩人的意見是不能不加考慮的，袁世凱在政界黨羽自不必論，最具戰斗力的北洋六鎮（一鎮相當于後來一個師）就有五鎮掌控在他手里。載灃優柔寡斷、缺乏魄力，經奕劻一嚇、張之洞一諫，竟不知所措，一再修改懲袁諭旨，最後接受張之洞建議，改為「開缺回籍養痾」。光緒三十四年十二月十一日（1909年1月2日），這道上諭正式發布，以袁世凱「現患足疾，步履維艱，難勝職任」為由，強行將其罷官，逐回河南老家。
慶親王奕劻最初听到載灃要殺袁世凱的消息，立即將它透給了袁世凱。滅頂之災竟如此迅猛地落在自己頭上，這令素來鎮靜的袁世凱也大吃一驚，慌忙跑到天津，欲逃亡日本避禍，但權衡利弊之後又惴惴然返回北京。不久他接到強令回籍的諭旨，才稍許放心。殺機四伏，凶吉無常，三十六計走為上。他怕攝政王載灃復起殺念，當即跑去向他「謝恩」，之後立即登車匆匆逃往河南。
載灃對自己導演的這出罷袁戲頗為得意。袁世凱此人奸詐善變，特別能裝，上年他搞祝壽被彈劾後，竟借口「患足疾」請假休養。載灃秉政後，袁世凱一肚子情緒，又曾以「患足疾」為由，令人攜扶上朝。今天載灃總算以其人之道還治其人之身，以體恤養疾為由，將這個大野心家罷官鎩羽。
載灃嫉恨袁世凱由來已久。光緒帝是載灃之兄，載灃認為其兄被囚迫害，罪魁禍首之一便是告密求榮的袁世凱。光緒帝被囚瀛台後對袁世凱恨之入骨，「日書其姓名，粉碎之」。八國聯軍進犯那年逃到西安後，光緒帝經常「畫成一龜，于背上寫上項城（指袁世凱）姓名，粘之壁間，以小竹弓向之射擊，既復取下剪碎之，令作片片蝴蝶飛」，「幾以此為常課」。再者，袁世凱擔任直隸總督五年多時間里，野心勃勃，做下令載灃等滿清王公貴族忌疑之事。袁世凱任直隸總督後，又身兼參預政務大臣等八項要職，志得意滿，鋒芒畢露，尤其在模清慈禧太後已決意變革的底牌後，各項新政事事率先倡辦，增練新軍，創辦巡警，整飭吏治，提倡實業，廣興教育，以至當時清廷革創之政，幾乎全出于他之手。袁世凱在直隸總督任上政績赫然。
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