魏文帝黃初四年（癸卯，公元223年）二月，諸葛亮到達永安。
此前，黃元被諸葛亮所嫌棄，知道漢王患病，恐怕諸葛亮加害，因而率領漢嘉全郡反叛，火燒臨邛城，當時諸葛亮由成都東下看望劉備，成都守備單薄虛弱，黃元因此無所忌憚。益州治中從事楊洪，報告太子劉禪，派將軍陳、鄭綽討伐黃元。大臣們誶為，如果黃元不能包圍成都，會經越佔據南中。楊洪說︰「黃元一向性情凶狠殘暴，對下屬不施恩德信義，沒有能力那樣做！不過是順青衣江東下，盼望主公平安，再捆起自己，請求治罪；即使吸其他變化，也不過逃奔吳國求條活命而已。只要命伶陳、鄭綽在南安峽口攔截，就可將他生擒。」黃元叛亂失敗果然順青衣江東下，被陳、鄭綽生擒後斬首。
漢王病重，命令丞相諸葛亮輔佐太子劉禪，以尚書令李嚴作諸葛亮的副手。漢王對諸葛亮說︰「你的才干勝過曹丕十倍，必定能安定國家，完成大業。如果劉禪還可以輔佐，你就輔佐他；如果他漢有才德，你可取而代之。」諸葛亮淌著淚說︰「臣下怎敢不竭盡全力輔佐太子，忠貞不二地為國效命，至死不渝！」漢王又下詔給太子︰「人活五十而死不能稱為夭折，我已經活了六十多歲，還有什麼遺憾，只是牽掛你們兄弟。要努力，再努力啊！不要因壞事很小就去做，也不要因為好事很小就不去做！只有賢明和德行，才會使人折服。父親德行淺薄，不值得你們效法。你與丞相共同處理政務，對待他要像父親一樣。」夏季，四月，癸巳（疑誤），漢王劉備病逝于永安，謚號為昭烈皇帝。
丞相諸葛亮護送靈車回到成都，由李嚴作中都護，留下鎮守永安。
五月，太子間禪即位為蜀漢皇帝，當時十七歲，尊奉皇後為皇太後，大赦罪犯，改年號為建興。封丞相諸葛亮為武鄉侯，兼任益州牧，國事無論大小，都取決于諸葛亮。于是諸葛亮精簡官職，修訂法制，向百官發下文告說︰「所謂參預朝政，署理政務，就是要集合眾人的心思，采納有益國家的意見。如果因為一些小隔閡而彼此疏遠，就無法到不同意見，我們的事業將會受到損失。听取不同意見而能得出正確的結論，如同扔掉破草鞋而獲得珍珠美玉。然而人們很難做到這一點，只有徐庶在听取各種意見時不受困惑。還有董和，參預朝政、署理政務七年，某項措施有不穩妥之處，反復十次征求意見，向我報告。如果能做到徐庶的十分之一，像董和那樣勤勉、盡職、效忠，我就可以減少過失了。」他又說︰「過去我結交崔州平，他多次指出我的優缺點；後來又結交徐庶，得到很多啟發和教誨；先前與董和商議事情，他每次都能做到知無不言，言無不盡；隨後又與胡偉度共事，他的多次勸諫，使我避免了很多失誤。我雖然生性愚昧，見識淺陋，對他們給我的教益不能全部吸取，然而和這四人的始終很好，也可表明我對直言是不疑的。」胡偉度，就是諸葛亮的主簿義陽人胡濟。
諸葛亮曾經親自校對公文，主簿楊徑直入內勸他說︰「治理國家是有制度的，上司和下級做的工作不能混淆。請您允許我以治家作比喻︰現在有一個人，命奴僕耕田，婢女燒飯，雄雞所曉，狗咬盜賊，以牛拉車，以馬代步；家中事務無一曠廢，要求的東西都可得到滿足，優閑自得，高枕無憂，只是吃飯飲酒而已。忽然有一天，對所有的事情都要親自去做，不用奴婢、雞狗、牛馬，結果勞累了自己的身體，陷身瑣碎事務之中，弄得疲憊不堪，精神萎靡，卻一事無成。難道他的才能不及奴婢和雞狗嗎？不是，而是因為他忘記了作為一家之主的職責。所以古人說‘坐著討論問題，作出決定的人是王公；執行命令，親身去做事情的人，稱作士大夫’。因此，丙吉不過問路上殺人的事情，卻擔心耕牛因天熱而喘；陳平不去了解國家的錢、糧收入，而說‘這些自有具體負責的人知道’，他們都真正懂得各司其職的道理。如今您管理全國政務，卻親自校改公文，終日汗流浹背，不是太勞累了嗎？」諸葛亮深深表示感謝。楊去世，諸葛亮哭泣了三天。