康熙十二年春，康熙皇帝作出撤藩的決定。
吳三桂首先于這年十一月殺雲南巡撫朱國治，自稱天下都招討兵馬大元帥，提出「興明討虜」，將矛頭指向朝廷。吳三桂軍由雲、貴而開進湖南，幾乎佔據湖南全省。進而佔據四川，四川官員紛紛投降。福建、廣東、廣西、陝西、湖北、河南等地都有藩王或將領響應。
吳三桂在湖南沿江布置防御工事，不敢再向北發展，康熙帝抓住機會調整戰略、安排兵力。
康熙首先堅決打擊吳三桂，而對其他的反叛者卻實行招撫，通過分化力量而孤立吳三桂。軍事上僅以湖南為進攻的重點，同時能夠充分信任漢將，這樣就鼓舞了朝廷軍隊的士氣。
在耿精忠、尚之信歸順清廷之後，吳三桂于康熙十七年在衡州稱帝，立國號周，建元昭武，大封諸將。其實這時的吳三桂已到了窮途末路。他積郁而死後，將所謂的帝位傳給孫子吳世璠。
清軍進入雲貴省城，吳世璠自殺，歷時八年的三藩之亂被平定。對于清廷來說，是確立穩定的皇朝統治的標志。
平叛期間，孝莊把宮廷節省下的銀兩捐出犒賞出征士兵。每逢玄燁遇到棘手之事，孝莊便為其出謀劃策，並憑借自己在朝中的崇高地位和威信，給予孫兒玄燁有力支持。每逢荒年歉歲，她總是把宮中積蓄拿出來賑濟，全力配合支持孫子玄燁。她的表率行為，更使康熙對她增加十二分敬意。
孝莊在平定三藩之亂過程中起的作用，旁人無以替代，舉朝盡知。可是，當玄燁和大臣們請求按照朝中慣例，為她加上尊號時，她卻表現了十分謙遜的作風，再三予以拒絕。她盡量掩去自己的作用，將功勞一並歸于愛孫。
至此，康熙的威望擴大。
繼平定三藩後，又統一了台灣。清朝從此進入一個新的發展階段，即康乾盛世的前期。
清王朝在康熙時期形成了第一個黃金時代，其中包含了孝莊的一份功勞和心血。
隨著玄燁不斷成熟與孝莊的日漸衰邁，康熙二十年前後，他們的關系逐步過渡到一個新的時期。
康熙二十一年春，康熙出巡盛京，沿途幾乎每天派人馳書問候孝莊起居，報告自己行蹤，並且把自己在河里捕抓的鰱魚、鯽魚脂封，派人送京給孝莊嘗鮮。
康熙二十二年秋，康熙陪孝莊巡幸五台山，一到上坡地方，每每下轎，親自為孝莊扶輦保護。
康熙每日都堅持向孝莊請安，他十分珍視每日與孝莊的聚首，這是他日理萬機的生活中盡享親情的時刻。
愛孫的陪伴，蘇茉兒的不離不棄，她很滿足。
六十年的歲月，愛也好恨也罷，一切早已隨時間而去，唯有滿屋子的花香。