《周易》是中國傳統醫學之源。《周易》與中國傳統醫學關系密不可分。正如明代名醫張景岳在其名作《醫易義》中所說︰「《易》具醫之理，醫得《易》之用」，「醫不可無《易》，《易》不可無醫。」
1、卦爻辭初探
按照傳統的說法，先人畫卦作《易》時，均有借于仰觀俯察、近取遠取之助。所謂「近取諸身」，並非限于卦爻象擬諸人身的某個器官而言，而應理解為在八卦和《易經》中已包含有我先民們對人體自身和病變的初步認識。先民進行卜筮，意在預測吉凶禍福，而人體自身的和病變，應是他們關注的重要領域之一。同時也反映了他們在利用巫術的同時，也取得了運用藥物對疾病進行斗爭的某些經驗。
如《復卦》卦辭說︰「亨，出入無疾，朋來無咎。」這里，卜師把「出入無疾」作為人們時運亨通的首要選擇。這正說明，在遠古時期，由于生活條件的艱苦，人們的衛生條件無法得到保障，因而疾病常成為人們日常生活中的大患。所以祈求「無疾」就成為人們最大的關注點之一。
又如《無妄》九五爻辭說︰「無妄之疾，勿藥有喜。」對這句話，舊注多停留在字面的解釋，意謂不輕舉妄為而得了疾病，不用藥而有自愈的喜悅。這里如果再追問一句，為什麼不輕舉妄為而得了病，就不要用藥呢？估計這兩句話可能是古代的格言成語，意謂對弄不清發病原因的疾病，不輕易用藥反而會自行痊愈。因為古人樸素地認為，疾病都是由自身的行為引起的。得罪了鬼神而招致的疾病，需要祈禱，藥物無用。
除此之外，人在日常生活中，所謂輕舉妄為而致病，不外飲食不節、勞逸失度、喜怒無常、寒暑不慎等原因引起的。弄清原因，才可對癥下藥。如果疾病不是由于自己輕舉妄為所引起，即「無妄之疾」，也就是說，病因一時無法弄清，就不宜盲目服藥，有時反而會自行痊愈。這條爻辭，一方面說明，古人當時對致病的原因知之尚少，其實有許多疾病並不是由于自身行為引起的；另一方面又說明，古人運用藥物與疾病作斗爭已經積累了一定的經驗，已有對癥下藥、辨癥施治思想的萌芽。
2、認識論、方溯源
事實上，說傳統醫學源于《周易》，主要不是就卦爻辭中保留下來的有關人體和病理方面的知識說的，固然這些古老的資料是非常寶貴的。研究發現，傳統醫學中的許多認識論及方上的問題，皆朔源于《周易》。
（1）中醫五行學說
盡管《周易》的宇宙觀是樸素的，但對形成的認識論已了客觀唯物主義的範疇。
《周易》認為與宇宙的發生最關緊要的莫過于天與地，《周易》用乾卦、坤卦代表天與地。如《周易•系辭》曰︰「天尊地卑乾坤定矣。」「乾知大始，坤化成物。」八卦中的其余六卦也分別代表實實在在的物質，如巽風、震雷、離火、坎水、艮山、兌澤，形成了所謂八卦哲學，八卦哲學體現了《周易》對宇宙認識的唯物觀。
《周易》是以八種物質為宇宙萬物之基本要素，其中水、火為五行學說中的兩種主要元素。
根據甲骨文記載，五行觀念起源于殷商，記載于《尚書•洪範》，但《周易》中已有五行的主要元素——水、火等的萌芽。五行完整記載于《尚書•洪範》︰「一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰潤下，火曰炎上，木曰曲直，金曰從革，土愛稼穡。潤下作咸，炎上作苦，曲直作酸，從革作辛，稼穡作甘。」
五行學說在春秋時期還是一種抽象哲學的概念，《黃帝內經》在當時《周易》、《左傳》、《洪範》的影響下，把五行學說這一哲學觀念的東西引進到中醫學的領域內來，在宇宙唯物觀的基礎上，借助五行的歸類，揭示中醫髒腑經絡、病理、間的聯系，並應用五行生克理論，維持人體內外環境的平衡。
五行學說被廣泛地應用到中醫學，長期以來被作為中醫理論的說理工具。由于五行學說有認識論範疇唯物觀的先進性，又具方中樸素的系統論思想，中醫又獨特地把五行學說和陰陽學說相結合，用以闡述中醫理論，故使五行學說在中醫學中躍居重要地位。
因此，中醫學中的五行概念已經比原始的五行概念有了本質的差別，它已經升華為哲學與自然科學相結合的典範之一。
（2）中醫「整體衡動觀」
《周易》在平衡觀方面，已經初具平衡論思想的雛形，《周易》已經認識到有動必有靜的動靜平衡觀，如《周易•系辭》曰︰「動靜有常，剛柔斷矣。」
《周易》的平衡觀還反映在卦的結構上，如無論八卦，還是六十四卦對于陰、陽爻的數量，位置其分布都是平衡的。體現了平衡是動態的、相對的原理，亦即是在發展中、變化中的平衡，《周易》六十四卦樸素地反映了這一觀點。
平衡的目的在于維持相對的靜止，亦即相對的穩態，平衡是對立統一的產物，沒有對立統一便沒有任何平衡。《周易》的平衡現是建立在對立統一的基礎上的，是在陰陽、天地、水火、日月、剛柔對立統一的基礎上產生的相對平衡。
《周易》的平衡觀還表現在制約關系上，就是說有制約才有平衡，亦即對立統一的雙方，要在一定制約的基礎上才能維持平衡。如《既濟卦》的水火互制，《泰卦》、《否卦》的乾、坤交感，都是平衡制約的樸素萌芽。平衡是為了維持整體的統一性。
《易經》的「易」，其含義包括「變易」和「不易」，實際上也就是動和靜的統一。有「變易」就必有「不易」，變易是絕對的，不易是相對的，有了「不易」，事物才可能有相對的靜止，也才能保持平衡，所謂動中之靜，動態的平衡。正所謂「易者，變易也，不易也，簡易也」。上述皆體現了《周易》的平衡論思想，《周易》的平衡論思想，滲透于《黃帝內經》，促進了《黃帝內經》整體衡動觀的發展。
《黃帝內經》整體衡動觀的一個主要內容便是平衡論思想。是整體運動不可缺少的一個組成部分。《黃帝內經》的平衡觀十分豐富，包括自然界的平衡及人體內的平衡，以及體內外環境的平衡。
《黃帝內經》和《周易》一樣認為宇宙萬物是運動產生的，運動是永恆的，互相聯系著的，運動產生生命，運動停止，生命便要告終。體現了整體衡動觀的重要意義。
近代「整體恆動觀」的提法，確應修正為「整體衡動觀」。整體，指人體內外環境的相關性、統一性。動，指運動、變化，言人體的氣化，氣機升降運動是無器不有，無時不存在的。衡，指平衡，即人體內部髒腑組織之間，人體與外界環境之間，都保持著一定的平衡。中醫整體衡動觀是中醫學認識論中的一大特色，是中醫學的指導思想。