又过去一段时间，每天上学，训练，传教，百合幸福充实轻松的日子就这样过去了，一日，在浅见火山熔岩中发现了第八使徒的幼体。一群人商量后，提出一个非常不靠谱的计划，就是由明日香来执行首次使徒捕获作战。脑子被驴踢了，想出了这个作战。
融合了生命之果的二号机，本来就能二十四小时开启绝对领域，但是在一群外行的安排下装备了耐热耐压的D型装备，而后潜入熔岩一千米以下成功地捕捉了使徒的幼体，但是天有不测风云，使徒又不是没脑子，在上升过程中，有了自我意识的幼体开始急速乳孵化，追求自保。
作战计划不得不由捕捉更改为歼灭，而且竟然没有考虑到这种情况，甚至没有预案，简直是对军事素养侮辱啊。紧急改变作战，怎么消灭岩浆中的使徒都不知道，只能让明日香在岩浆中苦战，某人引导了一下地磁场后，二号机的绝对领域将第八使徒直接从火山中扔了出来，之后的事情就简单了，在那里等着的绫波丽驾驶着零号机，上去三下五除二将使徒灭掉，夺回了生命之果。
没有记性的神经机构里面的人，又开始了一如既往的生活。百合女性，开始推动机构内部的男性娘化，为百合事业的伟大发展作出自己的贡献，隔三差五就有一个男性成为女性，从此步入百合的殿堂，趁着这段时间的空隙，绫波丽画了十几本百合本子，有全年龄的纯爱百合，有15×的半遮档百合，有18×的成人百合，有虐爱，攻受，互攻互受，各种丧心病狂的本子在这个表面三无，内心**的绫波丽手中出现，其节操之少，下限之低让很多行内人叹为观止。纯洁的绫波丽三无女神在她妈凌波妙的教导下，彻底歪掉了，成为了长歪了的参天大树，也让很多看到她的人，以她为标准，也长歪了，真是毁人不倦。
开心的日子，总有人过来捣乱，以显示自身的存在，一部分顽固分子死心不改，发现了使徒来临，就在一次实验中，制造事故，让NERV本部的电力断掉了，仅有的后备电力被用于维持MAGI系统。这只是表面情况，没有几个人知道，本部下面禁区内有三个小型核聚变发电站，以此供应某女修炼，以及一万个绫波丽在培养罐内生活，学习。本来应该一日千里的速度在神力以及残魂的拖累下，速度缓慢，相对于他这个境界的人来说。
不知道真实情况导致，NERV一片混乱，而这个时候凌波妙以极快的速度让他们安定下来，系统发现了第九使徒由海岸登陆。之所以不供应电的原因是，三个机体根本不需要电力，而且不制造这种表面危险的情况，怎么把一些从位子上，赶下来，顺便将她全家娘化。在第三新东京市一个废弃楼内玩百合游戏的的真嗣子、丽与明日香三个美少女，听到警报后，发现回不去了，打算寻找可到NERV的通道。此时，担心女儿的碇唯操纵初号机拉着零号机与二号机一路墙挡拆墙，板阻毁板，几秒钟后，就破空而出，飞上天空，以极快的速度来到了女儿身旁。极快登录，合二为一。
三机联合作战，你一拳，我一脚，她一掌，你来我往，硬生生的将第九使徒玩死，取得了第七颗生命之果。这次表面上的危机，给了全灵一个借口，将所有之前不好收拾人彻底收拾了一遍，将最后的隐患灭去，从此日本就处于某人的绝对统治之中了。这次作战完毕，碇真嗣子将这些天学到的百合知识传授给了她妈妈，两人共同学习，共同进步，从此更加亲密。
因为几次战斗的胜利，给美里增添了功勋，晋升为三佐，一群人本打算举办一个大型的百合聚会庆祝。很多人都准备好了各种特色的衣服，决胜服装，诱惑衣衫，希望能够将心仪的妹子推到，让刚刚加入百合大家庭的新人，感受到百合的福利以及魅力。
本来已经计划很好的事情但是被搅局了，没错，这么没有眼睛的存在，肯定只有使徒，这不在卫星轨道上出现了迄今为之最大的一个使徒，说真的，在几个机体轻松吊打使徒之后，所有的人对使徒已经没有了紧张感，所有本部中的众人将仅存的男性赶走后，继续庆祝。使徒的本体，在探测到NERV的位置后，加速坠落下来，把自己当作了一个大炸弹，打算一把将第三东京市灭掉，若真的让他掉落下来，还真的可能，但是被叨扰了好事的碇真嗣子，绫波丽，明日香三女异常不爽的驾驶者机体，直接冲上高空，三人围着第十使徒，抓住他的肢体，开始撕肉，一块一块的使徒躯体被撕了下来，扔到了海里，等到了第三东京市上方的时候，已经只剩下一个生命之果了。
回归后，将生命之果收容，换衣服，继续参加百合聚会，为了补偿被使徒伤害的脆弱心灵，众人决定将百合聚会延长到一天一夜，反正本部内部什么都不缺，一朵朵百合花在神经本部绽放，某人在站在一个隐秘的地方，欣赏着这片纯洁的百合花海。整个基地都散发着百合的清香，让第二天前来上班的单身狗收到了成吨的伤害，不少男性直接去变妹子了，从此加入了百合大家庭，散发百合的清香，虐单身汪。
轻松打赢了第十使徒，参加了一天一夜的疯狂百合聚会，美里决定和赤木母女带三个小孩去吃大餐，可惜天性懒散，大手大脚的她没钱了，真是喜闻乐见的事情啊，因为美里被绫波丽趁此机会给**了，这次吃饭事件，展现了绫波丽真豪的本质。谈论之后，才知道，丽的百合本子每一次都能大卖，在传教的同时，收获了大量的金钱，成为一个富一代，但是要装三无的她，本来就对一些奢侈品不感兴趣，所以不露富，也不为人所知。
吃完饭后，绫波丽拖着美里来到了自己的住处，一个精致的单身公寓，一室一厅一厨一卫，但是占地一百七十平方米。客厅占地六十平方米，房间占地五十平方米，厨房占地三十平方米，卫生间也是三十平方米，里面摆着一个巨大的浴盆，和小型泳池差不多了。
看到如此好的地方，美里感觉自己被**是非常好的选择，当天晚上，两人一起洗澡，一起睡觉，百合花开，第二天一早，绫波丽带着一本满足的微笑离开，留下美里瘫倒在床上，两天后，才去上班的，这告诉了我们，得到多少，付出多少的伟大真理。从此之后，知道绫波丽是土豪的众人隔三差五就来打秋风，本着不吃亏的原则。每一次打秋风的都被拖回家了，为家里的百合清香增添了一份浓郁，对于那些拖不回家的，下次的本子就画她了，吃了我多少，我要用你十倍百倍的赚回来，不亏是妙的女儿，真有她的风范。
该来的总会来，说的就是使徒，NERV本部在进行模拟体测试实验时，在蛋白壁上发现异常，显然出问题了，但是没几个人担心，反正到了最后都能轻松处理。经MAGI判明为第十一使徒，这次的敌人是一群细菌，没错位于小和大之间的生命体，真是奇葩。该使徒能力是急速分裂、增殖、进化，控制模拟体。只要做到这些，达成后开始侵蚀MAGI系统，并使NERV自爆。看起来多厉害的能力啊，直接以子之矛攻子之盾，你神经本部再厉害，我直接动用你的炸弹，在你内部爆炸如何？
如此强大，都让很多人束手无策了，但是强大只是相对的，在凌波妙眼里这样更好收拾了，没有强大的躯体保护，很多事情就方便多了，通过电磁感应，直接将生命之果拿走，顺便收走了一部分第十一使徒的身躯，封印之后，留在了小世界。之后讨论的过程中有人提出，以后可以让其快速进化，以至于自身崩灭，因为有很多学者认为进化的终点是死亡，但是进化有点有终点吗？道无止境，学海无涯，大道无疆这些词语告诉我们进化根本没有终点，或许有一个众人认为的相对终点，比如进化到一定程度，就是某人所不能理解，所不能观测的存在。
原著中的第十一使徒的进化本身就是错误的，才有那么快的进化之后，导致了自身的崩灭，否则他只会强大，连相对终点都远远达不到，因为一个星辰所能提供的能量物质是有限的。将小世界的第十一使徒的身体化为最初的使徒本源，除此之外有十份其他的使徒本源，都是这样年留存下来，凌波妙炼化后的。
这些东西将来都有用处，也是一种保险，这次事故后，很多人都感觉自己生物学学的不怎么好，打算以后多读读生物学的书籍，好更好的跟学霸当朋友，起码要知道一点，好把对方拐到床上去，真是死性不改，勤勤恳恳的百合教徒啊。