孙权放弃了经过秦汉400年经营已经富庶繁荣的秣陵旧城，选定依凭长江天险、利于军防的今南京市区的建业城址，营建新都。一般认为，建业都城是为南京真正成为城市之开端。当年的建业都城，因为“江东草创”，所以形制并不规整，宫苑亦显零乱，而且比较简陋。
当年东吴的城池宫殿大概是什么样的呢？建安十六年（211年），吴王孙权在听取各方面的意见后，毅然决定自京口（今镇江）徙治秣陵（今南京），在清凉山原有城基上修建了著名的石头山（又称石头成、鬼脸城）。当时长江就从清凉山下流过，因而石头城的军事地位十分突出，孙吴也一直将此处作为最主要的水军基地。石头城以清凉山西坡天然峭壁为城基，环山筑造，周长“七里一百步”，相当于现在的六里左右。北缘大江，南抵秦淮河口，南开二门，东开一门，南门之西为西门，城依山傍水，夹淮带江，形势险固。城内设置有石头库、石头仓，用以储军粮和兵械。在城墙的高处筑有报警的烽火台，军情紧急时发出预报信号。
古代长江绕清凉山麓东去，巨浪时时拍击山壁，将山崖冲刷成峭壁。唐代以后江水日渐西移，自唐武德八年（625年）后，石头城便开始废弃，故中唐诗人刘禹锡作《石头城》一诗云：“山围故国周遭在，潮打空城寂寞回。淮水东边旧时月，夜深还过女墙来。”可见，此时的石头城已经十分萧条了。
孙权于229年九月，新辟建业都城于“虎踞龙蟠”之地。起初，孙权将今进香河西岸一带的原“讨逆将军”孙策的府第取名为“太初宫”，在周围筑起宫墙，加强防卫。
赤乌十年（247年），孙权诏令拆运武昌宫的砖瓦木材，用来修缮建业宫。有关官吏禀告说：“武昌宫至今已有28年，其砖木破旧恐怕已不适宜再用，应该向下面的州县去要，从全国各地砍伐木材运来。”孙权说：“古时大禹以低矮的宫室为美，我也应该如此。如今战事连绵不断，向全国各地征收赋税，如果再让各地砍伐木材，就会妨害损伤农林生产，所以武昌宫的旧砖木，还是可以使用的。”于是迁居南宫（今珠江路南估衣廊一带，原本是太子专用）。三月，改建太初宫，命令各个将领及各州郡官长都来义务协助建造。改建工程持续了一年多，于248年的农历3月完工。改建后的太初宫周围有300丈。太初宫的南面开有5个宫门，其中正门叫公车门，东、西、北三面各开一门，分别叫做苍龙门、白虎门和玄武门，正殿称“神龙殿”。此时，建业城中建有宫城和衙署、民居、寺院，城外有石头城、丹阳郡城，还有人口集中和商业繁荣的市场。其时，每有魏、蜀两国遣使至建业，无不叹太初宫之富丽明秀，赞不绝口。孙权创建的建业成为古代一座真正的城市，为日后南京的发展奠定了基础。
至孙皓继位，穷奢极侈，犹嫌不足，又于甘露二年（266年）在太初宫东修建昭明宫，征集民工无数，令品秩两千石以下官员入山督促伐木，又令大开园囿，兴建七山楼观，耗资亿万。是以此宫比太初宫大了一倍有余。昭明宫包括大小殿堂几十个，正殿叫做“赤乌殿”。每座殿堂皆饰金玉，雕梁画栋，壁面上绘有以神仙和云气为内容的大幅壁画。在殿堂之站垒土作山，在山上盖起高耸的楼阁。这些楼阁均用珠玉作装饰，四周点缀着许多奇山异石。为了使殿堂之站终年都有碧波绿水，孙皓特命开凿“城北渠”引后湖碧波，巡堂绕殿。昭明宫的位置，大约在今成贤街四牌楼一带。孙皓自此移居新宫，于绿水红花间流连忘返，居金殿玉楼上醉生梦死。此是后话。
苑城，为东吴皇家苑区及宫廷禁卫营地，又称后苑，亦名建平园。在太初宫东、北。后主孙皓在太初宫建昭明宫，所占即为苑城之地。苑城不仅是皇室闲暇休息游玩之处。也是贵族子弟骑马射猎、习武练兵之地，可以容纳3000多名贵族子弟同时骑马操练，可见其地之广。北部有苑仓，也称仓城，是皇家最重要的仓库。存贮粮食等一应所需用品，有运渎直通苑仓，输送物资。苑城旧址即东晋、南朝建康宫所在地。
太初宫、昭明宫和苑城组成了东吴的“宫城”，它位于建业都城的中间偏北部分，几乎占据都城1/4的面积。当时都城的城周为20里19步，每边长约5里左右，都是土墙“篱门”（用竹篱做成的门）。都城的正门叫“宣阳门”。从宣阳门到秦淮河岸的“朱雀门”，又名“大航门”，正好是5里路。那里有一座浮桥，叫做“朱雀航”（又名“大航”），位置约在今中华门内镇淮桥稍东。从宣阳门到朱雀门的5里长街被称为“苑路”，也就是东吴的“御街”。
苑路的中央部分是皇帝专用的驰道，两旁是一般人员通行的大道，靠近驰道的一侧都筑有高墙，以免皇帝的行止被人窥知。
从苑路的南端开始，就进入了秦淮河两岸的商业区和居民区，并且沿着秦淮河向东、西、南三个方向延伸，其中最著名的是“横塘”和“长干”两个区域。“横塘”大概是指今“内秦淮”的中华门到水西门段的秦淮河两岸，这里是建业最繁华的商业区，当时最大的商业区。“长干”指今雨花台到长干桥一带，它既是商业区，又是高级官僚的住宅区。
西晋著名的文学家左思曾经在他的名著《三都赋》（蜀都赋、吴都赋、魏都赋）中，对吴都建业宫城有这样的描述：“崇临海之崔巍（高大雄伟），饰赤乌之韡晔（光明美盛貌）。”临海、赤乌，都是太初宫殿名。对“苑路”的描述是：“朱阙双立，驰道如砥。树以青槐，亘以绿水。玄荫眈眈，清流亹亹。”驰道如砥，天子之道，十分平直，路边树阴重重，流水潺潺。对商业区的描述是：“横塘查下（查浦，在横塘西），邑屋隆夸（房舍极度奢侈）。长干延属（东长干中有大长干、小长干，皆相连），飞甍舛互（言栋宇相交互）。”足见当时建业宫城及商业区的奢华景象。
当年秦淮河两岸船来船往的繁华情形，有唐代诗人崔颢的《长干曲》为证。其一：“君家何处住？妾住在横塘。停船暂借问，或恐是同乡。”其二：“家临九江水，来去九江侧。同是长干（金陵）人，自小不相识。”这虽是两首写男女情感的诗，从另一个侧面，反映了当时秦淮河上船来船往频繁的商贾活动。
西晋灭吴以后，建业城并未遭到很大的破坏，只是在行政区划和名称上作一些小的变更。
孙权在位期间，在周瑜等人的辅佐下，设置农官，实行屯田，平定山越，设置郡县，促进了江南经济的发展。这时的东吴政权已经拥有今长江中下游，南到福建、两广以及越南北部和中部广大地区。他采取了不少措施，鼓励发展生产。他“亲自受田”，将驾车用的8头牛改作耕牛，以表示提倡农业生产。并下令禁止官史在家忙时征调农民服徭役，以保证生产节气，又兴修水利，疏浚和扩大秦淮河水道，开破岗渎、运渎、东渠、潮沟等。由于吴国地处长江中下游地区，土地肥沃，便于耕垦。其中常州、镇江、无锡一带，农业生产比较发达，历代陆续修成的浙东运河和江南运河在孙吴时期发挥了重要灌溉和通航作用。丝织业开始在江南兴起；冶金铸造业，秉承东汉继续发展；青瓷业也原先的基础上走向成熟。由于河海交通的需要，吴国的造船业、水上运输业也有长足发展。据《太平御览》说，吴国在长江上航行的大船上下5层，可容纳3千人；海船经常北航辽东、南海诸国。