这萧摩诃也是太悲哀了，他奉命率军在白土冈为陈后主卖命打仗，陈后主却在宫中设宴，与他年轻貌美的继妻**，并引上龙床，一连数日留置不归。等他得知真情，已无心再战，大骂几声昏君，准备率军回宫中杀了陈叔宝解救爱妻，不料被隋兵活捉。
陈亡后，隋文帝杨坚授萧摩诃开府仪同三司。不久，随汉王杨谅至并州（山西太原）。隋仁寿四年（604年），萧摩诃随汉王杨谅起兵反对其兄杨广称帝。八月，萧摩诃在于清源（今山西清徐）败于隋名将杨素，被俘后被杀，时年73岁。此是后话。
当时，任忠驰马进入建康台城（皇宫），谒见陈后主，叙说了失败经过，然后说：“陛下好自为之，我是无能为力了！”陈后主交给他两串金子，让他再募兵出战，任忠说：“陛下只有赶紧准备船只，前往上游会合周罗等人统领的大军，我当豁出性命护送陛下。”陈后主相信了任忠，敕令他出外布置安排，又下令后宫宫女收拾行装，等待任忠，久等不至，觉得奇怪。当时韩擒虎率军从新林（南京城西南）向台城进发，任忠已经率领部下数骑到石子冈（南京城南雨花台附近）去投降。陈朝领军将军蔡徵率军守卫朱雀航（秦淮河上浮桥），听说韩擒虎将到，部队惊惧，望风溃逃。任忠带领韩擒虎的军队径直进入朱雀门，还有一些陈军将士想进行抵抗，任忠对他们挥挥手说：“我都投降了隋军，你们还抵抗什么！”于是陈军全都逃散。此时，台城（皇宫）内文武大臣全都逃跑，只有尚书仆射袁宪在殿内，尚书令江总等数人在尚书省府中。陈后主对袁宪感叹说：“我从来对待你不比别人好，今日只有你还留在我的身边，对此我感到很惭愧。这不只是朕失德无道所致，也是由于江东士大夫的气节全都丧失净尽了。”
祯明三年、开皇九年（589年）二月十日，隋军攻入建康台城。陈后主惊慌失措，想要躲藏，袁宪严肃地说道：“隋军进入皇宫后，必不会对陛下有所侵侮。事已至此，陛下还能躲到什么地方去？我请求陛下将衣服冠冕穿戴整齐，端坐正殿，依照当年梁武帝见侯景的做法。”陈后主不听，下榻急走自语道：“锋刃之下，未可儿戏，朕自有计。”于是跟着10余个宫人逃出后堂景阳殿，就要往井里跳，袁宪苦苦哀求，陈后主不听。后舍人夏侯公韵用自己的身子遮挡住井口，陈后主极力相争，争了很长时间才得以跳进井里。不久，有隋军兵士向井里窥视，并大声喊叫，井下无人回答，士兵扬言要落井下石，方才听到井下有人呼唤，于是抛下绳索往上拉人，感到非常沉重，十分吃惊，怎么这么重？都以为陈后主是一个大胖子，直到把人拉了上来，才发现陈后主与张丽华、孔贵嫔3人同索而上，隋兵皆大笑。后人有诗曰：“擒虎戈矛满六宫，春花无树不秋风；仓皇益见多情处，同穴甘心赴井中。”
当时粉面黛目的张贵妃吓得涕泪俱下，胭脂沾满了石井栏，以帛拭之不去，遂留下胭脂痕迹。故民间称“胭脂井”。
宋朝诗人陈孚有《胭脂井》诗云：“泪痕滴透绿苔香，回首宫中已夕阳。万里河山天不管，只留一井属君王。”宋朝曾巩为此告诫后人，写了辱井铭：“辱井在斯，不可戒乎”刻于井栏上，故胭脂井，又名辱井。宋朝政治家王安石也曾在此留诗一首：“结绮临春草一丘，尚残宫井成千秋。奢婬自是前王耻，不到龙沉亦可羞。”
隋兵入宫时，沈皇后仍像平常一样，毫不惊慌。皇太子陈深当时年方15岁，关上门，安然端坐，太子舍人孔伯鱼在一旁侍奉，隋军兵士推门而入，陈深端坐不动，好言慰劳说：“你们一路上鞍马劳顿，还不至于过于疲劳吧？”隋军兵士都纷纷向他致敬。当时陈朝宗室王侯在建康城中有100余人，陈后主恐怕他们发动政变，就把他们全都召进宫里，命令他们都聚集在朝堂，派遣豫章王陈叔英监督他们，并暗中严加戒备。到台城失守以后，他们都相继出降。
高颖先进入建康，当时高颖的儿子高德弘是晋王府记室参军，杨广就派他驰马来见高，传令留下张丽华，高颖说：“古时候姜太公吕尚蒙面斩了殷纣王的宠姬妲己，今天岂能留下张丽华！”于是将张丽华斩于青溪。高德弘还报杨广，杨广脸色大变说：“古人云：‘无德不报。’我一定有办法回报高公！”因此杨广忌恨高颖。
正月月二十二日，晋王杨广进入建康，认为陈朝中书舍人施文庆接受委命，却不忠心国事，反而谄媚为奸，以蒙蔽天子耳目。前中书舍人沈客卿重赋厚敛，盘剥百姓，以博取天子的欢心，与太市令阳慧朗、刑法监徐析、尚书都令史暨慧景等人都是祸国害民的奸臣，一并斩于石阙下，以谢三吴地区百姓。杨广又让高熲和元帅府记室参军裴矩一道收缴南陈地图和户籍，封存国家府库，金银财物一无所取。因此，天下都称颂杨广，认为他贤明。
隋朝开府仪同三司王颁是王僧辩的儿子，在一天夜里，他挖了陈高祖陈霸先的陵墓，焚毁了陈霸先的尸骨，并将骨灰投进水中然后喝下去，以报杀父之仇。随后把自己捆绑起来，向晋王杨广投案，请求治罪；杨广把此事报告了隋文帝，隋文帝下令赦免了他。隋文帝又下诏令给陈高祖、陈世祖、陈高宗安排5户守陵人，分别负责守护陵墓。
平定陈朝后，隋朝论功行赏，王颁因功应封柱国，受赐物5千段，之后又被封拜为代州（今山西太原府东北）刺史，又改任齐州（今山东济南）刺史，死于任上，终年52岁。
开皇九年（589年）二月，隋朝纳言苏威上奏请求在地方上每500家设置乡正一人，管理本乡百姓，审理诉讼纠纷。内史令李德林认为：“本来已经废掉乡一级官吏审理案件的权力，是因为他们和案件当事人乡里乡亲，往往判案不公平，现在却令乡正专治一乡500家，恐怕危害更大。况且有些边远荒僻小县，百姓不满500家，难道能让两县共管一乡？”隋文帝不听。初二，下制书说：“民间500家为乡，设置乡正一人；100家为里，设置里长一人。”
孝宣帝陈顼在位时，由于穷兵黩武，与北周连年征战，屡战屡败，陈国国土日削，国力日衰。到陈后主即位，陈国的国力已经相当不济，处于崩溃的边缘。
陈后主很有文才，但却是一个完全不懂国事、只知道喝酒享乐的荒婬皇帝，致使朝政极度**。他“奏伎纵酒，作诗不辍”（《南史-陈本纪》）。陈后主为其妃张丽华作艳词《玉树后庭花》：“丽宇芳林对高阁，新装艳质本倾城；映户凝娇乍不进，出帷含态笑相迎。妖姬脸似花含露，玉树流光照后庭；花开花落不长久，落红满地归寂中！”后人以“玉树后庭花，花开不复久”成为有名的亡国之音的代称。唐朝诗人杜牧有诗《秦淮夜泊》：“烟笼寒水月笼沙，夜泊秦淮近酒家；商女不知亡国恨，隔江犹唱后庭花。”
陈后主对酒文化的研究，也堪称一绝，有独酌谣二首为证。其一：“独酌谣，独酌且独谣。一酌岂陶署？二酌断风飙，三酌意不畅，四酌情无聊，本酌盂易覆，六酌欢欲调，七酌累心去，八酌高志超，九酌忘物我，十酌忽凌霄。凌霄异羽翼，任致得飘飘。宁学世人醉，扬波去我遥。尔非浮丘伯，安见王子乔？”其二：“独酌谣，独酌酒难消。独酌三两碗，弄曲两三调。调弦忽未毕，忽值出房朝。更似游春苑，还如逢丽谯。衣香逐娇去，眼语送杯娇。余樽尽复益，自得是逍遥。”
陈后主的发妻沈皇后，既贤惠，有隐忍。后主一年半载才去看望一次，而且总是“暂入即返”，从不多作停留，沈后总是起身黯然相送，也无相留之言。于是后主作《戏赠沈后》一诗：“留人不留人，不留人亦去。此处不留人，自有留人处。”后来发展为“此处不留爷，自有留爷处。”
陈后主一味贪图酒色，最后丢掉了江山。据有关记载，南朝前期，有90多万户，人口近470万。到了陈叔宝亡国的时候，南朝仅剩50万户，人口200万，可谓是人口萧条，社会凋敝。
导游说，六朝宫殿是当时中国最壮丽豪华的宫殿，由于侯景之乱，将一座绝代繁华的建康城糟踏得百孔千疮，残破不堪。台城的太极殿兼西堂省寺，也被王僧辩纵军士烧毁，其他宫殿建筑、典籍宝器、苑囿楼台以及华林园，几乎被毁荡殆尽。侯景之乱平定后，梁元帝萧绎不愿再在建康建都，于是定都湖北江陵，不久为西魏所灭。