隋朝军队进至长江北岸，晋王元帅府长史高颎问行台吏部郎中薛道衡：“此次大举出兵伐陈，江东地区必定能攻下吗？”薛道衡回答说：“一定能攻下。我听说晋朝著名术士郭璞曾经预言：‘江东地区分王立国300年后，当复与中原统一。’现在300年的时间已到，这是其一。皇上生活节俭，勤于政事，而陈叔宝却荒婬奢侈，昏庸无道，这是其二。国家的安危兴亡在于用人，陈朝任命江总为宰相，而江总只会赋诗饮酒，不理政事，又提拔刻薄小人施文庆，委以政事，又任命萧摩诃、任蛮奴等人为大将，他们只有匹夫之勇而无智谋，这是其三。我们政治清明，地大物博，陈政治黑暗，地域狭小，估计他们的军队不过十万人，西起巫峡，东至大海。如果分兵则势力孤单弱小，集兵则会顾此而失彼。这是其四。所以，势在必胜，事不迟疑。”高颎听后高兴地说道：“听了你分析的成败之理，令人豁然开通。我原来只是钦佩你的才学，没料到还能如此运筹帷幄。”
陈后主诏令散骑常侍周罗负责指挥监督巴峡（重庆以东的石洞峡、铜锣峡、明月峡）一带沿江的军事防务，抵抗隋朝军队。
杨素率领水军顺流而下，越过三峡，进至流头滩（今湖北宜昌西100里，一名虎头滩，又名狼头滩）。陈朝将军戚昕率领青龙战船100余艘防守狼尾滩，这里地势险要，易守难攻，隋朝将士因而担忧。杨素说：“成败在此一举。我军如果白天下船进攻，敌军就会知道我军虚实，加上滩流迅急，船只难以掌握，我们就失去了居于上游的便利条件；不如在夜里突然袭击敌军。”于是杨素亲自率领黄龙舰船数千艘，将士衔枚，顺流而下，又派遣开府仪同三司王长袭率领步兵由长江南岸攻打戚昕别处营垒，大将军刘仁恩率领骑兵由北岸向白沙（今宜昌东）进发，黎明而各军皆至，于是一起发起进攻；戚昕战败逃走，隋军俘获了陈朝全部将士，慰劳后加以遣返，纪律严明，秋毫不犯。
于是杨素率领水军顺流东下，舟舻舰船布满江面，旌旗甲胄鲜明耀日。杨素坐在一只平板大船上，仪表堂堂，陈朝人看见后，都心中惧怕，说：“清河公真像是长江水神！”
陈朝沿江镇戍要塞听说隋军将到，相继飞书奏报朝廷。但是中书舍人施文庆、沈客卿把奏疏全部压下，没有呈奏陈后主。
直到隋军已经进攻至长江北岸，陈后主还执迷不悟，以为长江可以阻挡一切，整日里照样吃喝享乐，不以为然。甚至若无其事地对侍卫近臣说：“帝王的气数在此地。自立国以来，齐军曾经3次大举进犯，周军也曾经两次大兵压境，但是无不遭到惨重失败。现在隋军来犯又能把我怎么样！”都官尚书孔范附和说：“长江是一道天堑，古人认为就是为了隔绝南方和北方。现在敌军难道能飞渡不成！这都是边镇将帅想建立功勋，所以谎报边事紧急。我常常觉得自己官职低下，如果敌军能越过长江，我一定会建功立业，荣升太尉了。”有人谎报说隋军马匹多死，孔范又口出大言说：“这些军马都是我国的马，怎么会死亡呢？”陈后主听后大笑，认为孔范说的很对，所以根本不加以防备，每天奏乐观舞，纵酒宴饮，赋诗取乐不止。
祯明三年、开皇九年（589年）正月初一，陈后主举行元旦朝会，在会见群臣百官时，突然大雾弥漫，吸入鼻孔，感到又辣又酸，陈后主昏睡过去，一直到下午才醒过来。
这一天，隋吴州总管贺若弼从广陵统帅军队渡过长江。陈朝守军竟没有发觉。庐州总管韩擒虎也率领将士500人从横江浦（在安徽和县东南）夜渡采石（今安徽马鞍山），陈朝守军全都喝醉了酒，隋军轻而易举就攻下了采石。晋王杨广统帅大军驻扎在**镇桃叶山（今南京泰山新村东侧，又名晋王山）。
初二，镇守采石（今安徽马鞍山）的主将徐子建携带告急文书飞骑赶赴都城（建康），报告隋军已渡江的消息。初三，陈后主召集公卿大臣进宫商议军务事宜。初四，陈后主下诏书说：“隋军胆敢任意兴兵凌逼，侵犯占据我都城近郊，就好似蜂虿有毒，应该及时扫灭。朕当亲自统帅大军，消灭敌军，廓清天下，并在朝廷内外实施戒备。”任命骠骑将军萧摩诃、护军将军樊毅、中领军鲁广达3人为都督，任命司空司马消难、湘州刺史施文庆两人为大监军，又派遣南豫州刺史樊猛统帅水军出守白下城（今南京城北金川门外），散骑常侍皋文奏统帅军队镇守南豫州（今安徽宣城）。陈后主又下令设立重赏，征发僧、尼、道士等出家人服役。
初六，隋将贺若弼率军攻克京口（今江苏镇江），生俘陈朝南徐州（今安徽宿州）刺史黄恪。贺若弼的军队纪律严明，秋毫不犯，有士卒在民间买酒的，贺若弼即令将他斩首。所俘获的陈朝军队6千余人，贺若弼全部予以释放，发给资粮，好言安慰，遣返回乡，并发给他们隋文帝敕书，让他们分道宣传散发。因此，隋军所到之处，陈军望风溃败。
陈朝南豫州刺史樊猛当时还在建康（今南京），由他的儿子樊巡代理南豫州（今安徽当涂）事。初七，隋将韩擒虎率军进攻姑孰（今安徽当涂），只用了半天，就攻下了姑孰城，俘虏了樊巡及其全家。江南地区的父老百姓早就听说过韩擒虎的威名，前来军营谒见拜访的人昼夜不绝。
此时，隋将贺若弼率军从北道，韩擒虎率军从南道，齐头并进，夹攻建康。陈朝沿江的镇戌要塞守军都望风尽逃；贺若弼分兵占领曲阿（江苏丹阳），隔断了陈朝援军的通道，自己率主力进逼建康。陈后主命令司徒、豫章王陈叔英率军守卫朝堂，萧摩诃率军驻守乐游苑（今南京九华山，古称覆舟山西南侧），樊毅率军驻守耆寺（今鼓楼以西耆阇寺），鲁广达率军驻守白土冈（今南京城东钟山南麓），忠武将军孔范率军驻守宝田寺。十五日，任忠率军自吴兴（浙江湖州）入援京师，驻守朱雀门（建康城南门）。
祯明三年、开皇九年（589年）正月十七日，隋将贺若弼率军进据钟山（紫金山），驻扎在白土冈的东面。晋王杨广派遣总管杜彦和韩擒虎合军，共计步骑两万人驻扎在新林（今南京西南）。隋蕲州总管王世积统帅水军出九江，在蕲口（今湖北蕲春西南）击败陈将纪瑱，陈朝将士大为惊恐，向隋军投降的人接连不断，晋王杨广上表禀报军情，隋文帝非常高兴，于是宴请和赏赐百官群臣。
当时建康还有军队10余万人，但是陈后主生性怯懦软弱，又不懂军事，只是日夜哭泣，台城（皇城禁宫）内的所有军情处置，全部委任给中书舍人施文庆。对萧摩诃先后两次提出的迎战建议均不采纳。陈后主在召集诸将商议军事时，镇东大将军任忠又提出反击之策，亦不从。第二天却说：“兵久不决，令人月复烦”，突然命萧摩诃等诸军出战。二十日，陈将鲁广达、任忠、樊毅、孔范、萧摩诃于白土冈一带依次南北列阵，绵亘20里，由于缺乏统一指挥，首尾进退互不相知。
隋将贺若弼率领轻骑登上钟山，望见陈朝众军已摆开阵势，于是驰骑下山，与所部7位总管杨牙、员明等将领率兵士共8千人，也摆好阵势准备迎战。
由于陈后主私通萧摩诃的妻子，所以萧摩诃一开始就不想为陈后主打仗。只有鲁广达率领部下拚死力战，与贺若弼的军队旗鼓相当。隋军曾经4次被迫后退，贺若弼部下战死270余人，后来贺若弼部队纵放烟火用来掩护隐蔽，才摆月兑困境重新振作起来。陈朝兵士获得隋军人头，纷纷跑去献给陈后主以求得奖赏，贺若弼看到陈朝军队骄傲轻敌，不愿再苦战，于是再一次率军冲击孔范的军阵。孔范的兵士与隋军刚一交战即败走，陈朝诸军望见，骑兵、步卒也一起纷纷溃逃，互相践踏不可阻止，死了5千人。总管员明擒获了萧摩诃，把他送交贺若弼，贺若弼命令推出去斩首，萧摩诃神色自若，贺若弼于是给他松绑并以礼相待。