（4）即位吴王
至正十一年（1351年）五月，韩山童（韩林儿的父亲）与刘福通、杜遵道等在颍上（今属安徽）发动起义，韩山童被捕遇害，韩林儿随母逃往武安，刘福通等攻克颍州（今安徽阜阳）。至正十五年（1355年）春，刘福通等迎韩林儿至亳州（今安徽亳州），立为帝，称小明王。国号大宋，年号龙凤，以亳州为都城。
至正二十三年（宋龙凤九年、1363年）二月，张士诚部将吕珍围攻安丰（今江苏兴化市），杀刘福通，逼走韩林儿，张士诚自称吴王。韩林儿被名义上尚属大宋政权的朱元璋救出，安置在滁州（今安徽滁州），虽然仍被奉为皇帝，但从此受朱元璋挟制。
张士诚泰州（今江苏泰州市）人，小名九四，出身为为运盐工，由于不堪盐官压迫，1353年与其弟张士义、张士德、张士信与盐贩李伯升等18人起兵反元，不久便攻下泰州、兴化、高邮等江北重镇。于1354年在高邮称诚王，建国号为周，以天祐为年号。1356年，移都平江（今苏州）。1363年，张士诚在帮助元朝消灭了刘福通后，自认为有功，要挟元朝赐封王爵，未能如愿。九月，再度叛元自立，在平江自称吴王。
至正二十四年（1364年）正月，李善长等率群臣劝进，朱元璋先是不同意，固请，于是36岁的朱元璋在南京乃即吴王位，建百官（此时，他参加红军只有短短的12年）。以李善长为右相国，徐达为左相国，常遇春、俞通海为平章政事。立长子朱标为世子。仍以龙凤纪年，以“皇帝圣旨，吴王令旨”的名义发布命令。因1363年张士诚早已自立为吴王，故历史上称张士诚为东吴，朱元璋为西吴。
至正二十六年（1366年）十二月，朱元璋派遣廖永忠接韩林儿至应天（今南京），途经瓜步（今江苏**县南瓜埠），沉之江中，韩林儿卒，宋亡（龙凤政权结束）。后世多认为此乃朱元璋授意所为。
韩林儿死后，朱元璋以明年为吴元年（1367年），建庙社、宫室，祭告山川。所司进宫殿图，朱元璋命去雕琢奇丽者。着手建造应天府城，作新宫于钟山之阳。次年，建成皇宫三大殿及太庙、社稷坛。
至正二十七年（1367年）九月初八，朱元璋率军攻入平江城，张士诚则展开巷战相抵抗。最后，张士诚被俘，解往应天。朱元璋问话，他不搭理；李善长问他，他则破口谩骂。朱元璋气极，命手下卫士以乱棍打死（一说自缢死），连尸骨都烧成灰，张士诚时年47岁，东吴灭亡。
（5）建立大明
韩林儿死后，朱元璋成为最高领导，他在南征浙东方国珍、福建陈友定的同时，派出大军北伐中原，发布告北方官民的文告。文告提出：“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的纲领，对北方人民反抗民族压迫颇具号召力。
至正二十七年、吴四年（1367年）十二月，中书省左丞相宣国公李善长率文武百官奉表劝进：“开基创业，既宏盛世之兴图，应天顺人，宜正大君之宝位。……既膺在躬之历数，必当临御于宸居，伏冀俯从众请，早定尊称。”
按祖宗的规矩，朱元璋自然三请三谢，三进三辞，以表虔诚倨恭。奉表10天之后，朱元璋率文武百官祭告上帝：“惟我中国人民之君，自宋运告终，帝命真人于沙漠……今运亦终。其天下土地人民，豪杰分争。惟臣帝赐英贤，为臣之辅，遂戡定诸雄，息民于田野。……必欲推尊帝号，臣不敢辞，亦不敢不告上帝皇尊。是用明年正月4日于钟山之阳，设备仪，昭告帝尊，惟简在帝心。如臣可为生民主，告祭之日，帝尊来临，天朗气清。如臣不可，至日当烈风异景，使臣知之。”
元至正二十八年正月初四、明洪武元年（1368年）正月二十三日这天，天朗气清，和风柔云，紫气东来，大明王朝，开国大吉。40岁的朱元璋告祀天地，于应天南郊登基即皇帝位，建国号明，建元洪武，是为明太祖。以应天为南京。追尊高祖考曰玄皇帝，庙号德祖，曾祖考曰恒皇帝，庙号懿祖；祖考曰裕皇帝，庙号熙祖，皇考曰淳皇帝，庙号仁祖，妣皆皇后。立妃马氏为皇后，世子朱标为皇太子。以李善长、徐达为左、右丞相。
二月，定郊社宗庙礼（帝王的宗庙制是天子七庙，诸侯五庙，大夫三庙，士一庙，庶人不准设庙），岁必亲祀，以为常。三月，称南京为应天府。诏儒臣修女诫，戒后妃毋预政（由于“女诫”严明，所以在明朝，几乎没有后宫干政的事件发生）。八月建都，称南京。南京的名称就此载入史册。并仿古代两京制，以应天府为“南京”，开封（汴梁)为“北京”。十一月，称京师。直到永乐元年（1403年）仍称南京。
自洪武元年（1368年）起，明朝又进行了长达22年的统一战争。五月，朱元璋亲至汴梁(今河南开封)督战。七月，徐达率领的北伐军逼近大都（今北京），元顺帝携后妃、太子仓皇出逃上都（今内蒙锡林郭勒盟正蓝旗政府所在地），统治中国98年的蒙元被赶出了中原，元朝覆亡。八月，明军攻克大都。改大都路曰北平府。
此后，统一战役仍在继续。同年，汤和率领的南征军灭方国珍、陈友定，福建、两广尽入版图。洪武三年（1370年），陕西平定，北方全入版图；洪武四年（1371年），四川平定；十四年（1381年）平云南；二十年，平山西、陕西以及东北；至二十二年，全国基本统一。
洪武二年（1369年）正月，立功臣庙于鸡笼山。同时，朱洪武诏曰：“朕淮右布衣，因天下乱，率众渡江，保民图治，今十有五年。荷天眷佑，悉皆戡定。”也就是说，经过15年的征战讨伐，朱元璋终于实现了自己“驱逐胡虏，恢复中华”的梦想，从一个放牛娃、小行僧、成为大明王朝的开国皇帝。三月，编撰《祖训录》，确定封建诸王的规制。八月，《元史》编撰完成（元朝灭亡的当年，明太祖朱元璋就下令编修元史。第二年，以李善长为监修，宋濂、王祎为总裁，赵壎等16人为纂修，开局编写。仅用188天的时间，便修成了除元顺帝一朝以外的本纪、志、表、列传共159卷。接着又让欧阳佑等12人四出搜集元顺帝一朝的史料，于洪武三年（1370年）二月六日重开史局，仍以宋濂、王祎为总裁，率领赵埙，朱右、贝琼等15人参加编写，用143天，七月初一书成。增编顺帝纪10卷，增补元统以后的《五行》、《河渠》、《祭祀》、《百官》、《食货志》各1卷，三公和宰相表的下卷，《列传》36卷，共计53卷。然后合前后二书，按本纪、志、表、列传厘分后，共成210卷，也就是现在的卷数。两次纂修，历时仅331天。
同年，明太祖遣使持金印文诰，封王颛为高丽国王。高丽始用洪武年号，对辽东元朝来使称北元。由于形势改变，帝都问题再度提出。朱元璋力排众议，据南京形胜之地，虎踞龙盘，足以立国。且临濠前临长江后倚淮水，地势险要，运输方便。遂决定以临濠（今安徽凤阳）为中都，动兵修筑城池宫阙。这里是朱元璋的家乡，群臣岂敢有异议？这样，明初就形成了南北两京、中都并存的情况。他之所以决定以临濠为中都，甚至一度想迁都临濠，除了这里是他的家乡，还与优待淮西功臣集团有关。
洪武二年（1369年）九月，朱元璋下令仿照南京规制在临濠（今安徽凤阳）营建中都。由左丞相李善长负责，大将汤和等督领大批军队与工匠民夫修建宫殿、城池、街道、桥梁、寺庙等工程。经数万军民近6年的劳作，至洪武八年（1375年）四月，中都已经初具规模，朱元璋亲至中都“验功劳赏”。奇怪的是在他20多天的视察后，突然宣布中止中都的建设，理由是“以劳费罢之”（《明太祖实录》）。洪武十一年（1378年）才改南京为京师，正式定都。
据史料记载，朱元璋于1366年开始修筑应天府城，至1386年建成，历时21年。明代南京城为四重城垣：宫城、皇城、都城及外廓。内为宫城，亦称紫禁城。皇城之外曰都城，周长48公里。其外郭，洪武二十三年（1390年）四月建，周180里。可见当时的南京城已经具有相当规模。
京都虽然确定，但朱元璋并未放弃迁都西北的雄心，选择的重点仍是长安和洛阳。洪武二十四年（1391年）八月，特派皇子朱标巡视西北比较两地形胜。太子回朝后，晋献陕西地图，提出了自己的意见主张。不料第二年四月，太子薨逝，迁都大事再次搁浅。这年朱元璋已经65岁，从此不再轻谈迁都之事。
洪武三年（1370年），朱元璋追封郭子兴滁阳王，立庙滁州。并手书郭子兴事迹，立碑庙中，令有司岁时奉祀，以报知遇之恩。郭子兴有3子，长子阵亡；次子郭天叙、3子郭天爵均为反元战将，后与朱元璋反目被杀。养女被封为皇后；另一女封为惠妃，生3子，分别封为蜀王、谷王、代王。
四月，封皇子樉为秦王，?晋王，棣燕王，橚吴王，桢楚王，榑齐王，梓潭王，杞赵王，檀鲁王，从孙守谦靖江王。元顺帝也在这年死于应昌（今内蒙古克什克腾旗西北达里诺尔西），子爱猷识理达腊嗣位。
朱元璋称帝后，便在全国范围内大量拉拢士大夫参加各级政权，洪武十九年（1386年），朱元璋选取应天各府、州、县士大夫到南京做官，共1400余人。洪武三十年（1397年），明政府调查浙江等9个布政司，直隶、应天18个府州，田地在700亩以上的地主，共14000余户，编成花名册，准备分批召见录用。
据有关资料，明朝政府的中央官制，在洪武初年，仍沿袭汉唐旧制。后来随着明太祖统治力量的逐步加强，洪武二十八年（1395年）六月，自己制定了一套新制度。明朝的官制大致分以下几类：
第一类，三公、三孤。三公：太师、太傅、太保（正一品）。三孤：少师、少傅、少保（从一品）。三公三孤是职掌“佐天子理阴阳，经邦弘化”的重要官职。
第二类，六部。吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部（按顺序）六部各设尚书一人，直接对皇帝负责，尚书之下有左右侍郎（副部长）、郎中（司长）、主事等。吏部：负责官吏的管理，考核，升迁等。户部：分别管理各地的收支与报销。礼部：主管国家凶吉大典，教育与考试，招待外宾，宴劳功臣等。兵部：管理天下军政（军令由五军都督府管理）。刑部：主管全国刑罚政令及审核刑名的机构。工部：管理建筑、后勤、水利、制造等。