第三类，督察院。直属于皇帝的监察部门，下设左右督御史（正二品）、左右副督御史（正三品）、左右佥督御史（正四品）再往下设13道监察御史，分管每个省的检查工作（当时中国分13个省）13道监察御史与直属于皇帝的六科给事中，统称“科道”属于言官范畴。
第四类，六科。分为吏、户、礼、兵、刑、工六科，每科设督给事中（正七品）、左右给事中与给事中（从七品）。给事中品级虽低，权利很大，皇帝交给各个衙门办理的工作由六科每5天注销一次，如果有月兑拉或者办事不力的，六科可以向皇帝报告。六科还可以参与官员的选拔，皇帝御前会议，审理有罪的官员。最为重要的是六科有封还皇帝敕书的权利，皇帝的旨意如果六科认为不妥可以封还，不予执行。
第五类，五寺。五寺是五衙门的简称，包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。大理寺，相当于今天的法院，是全国最高上诉机关。与督察院、刑部构成了三法司。太常寺，主管祭祀；光禄寺，主管宴享；太仆寺，管马；鸿胪寺，管招待外宾。
第六类，詹士府。詹士府是负责辅助太子的机构设正三品詹士一人，正四品少詹士一人，正六品府丞一人。詹士府设左右春坊，司经局，主簿厅。
第七类，太医院。太医院是管理宫廷及贵族诊断，制药的，设正五品院使一人，正六品院判二人，正八品御医四人，从九品吏目若干人。
第八类，翰林院。相当于现在国立大学、干部学院等的综合，翰林院的首长称为翰林学士（正五品），侍读学士两人，侍讲学士两人（从五品），侍读、侍讲各两人（正六品），修撰（从六品），考中状元后就会被授予此职位。编修（正七品），榜眼、探花考中后就会被授予此职位。
第九类，宦官机构。此外还有在都城的其他机构、卫所和五军都督府等，恕不赘述。
明初，朱元璋为了使江山永固，恢复了周代的分封制度，将自己的24个儿子和1个从孙封为亲王，分驻全国各战略要地，并且统领军队，以北方的9个边塞藩王统兵最多，燕王朱棣即为其一。由于藩王的权力过大，明太祖在世时，曾有言官上书，以晋八王之乱为例，指出太祖分封存在的隐患。但是太祖并不介意。至太祖暮年，诸王的兵权日盛，尤以燕王朱棣、宁王朱权为最。
皇太孙朱允炆曾经忧虑，一旦祖父驾崩，自己如何来制约这些手握重兵的叔叔。果然，明太祖死后只有4年，朱允炆政权就被四叔朱棣推翻，而且朱棣一上台，就消除了藩王的兵权，至明中叶之后，藩王只有虚号，而无实权。明史说这些藩王们“一旦盗起，无以御侮，徒手就戮”，这恰恰是朱元璋封建之初所不能预料的。
为削弱将领的军权，于洪武十三年设五军都督府。朱元璋实行安养生息的经济政策，采取奖励垦荒，实行民屯、军屯、商屯等屯田制度，兴修水利，在全国推广桑、麻、棉等经济作物的种植等一系列有利于恢复和发展农业生产的措施，成功地使明社会经济较快地得到了恢复和发展。
他还下令清丈土地，编制赋役黄册、鱼鳞图册（记载田亩面积方圆，编列序号，和田主姓名制成文册），建立里甲及粮长制，把农民束缚在土地上。他的限制和打击旧豪族地主、规定工匠轮班制、放松对手工业者的人身控制等政策，对恢复和发展农业和手工业生产也起了促进作用。为充实官僚机构，朱元璋采取荐举、学校、科举三途并用的办法选取官吏。
（6）严诛贪官
朱元璋出身贫苦，讨过饭、当过和尚、打过杂役，深知百姓的疾苦，他对贪官污吏恨之入骨。鉴于元代官吏贪污**以至亡国的教训，决意整顿吏治。甚至以剥皮囊草来惩办贪官污吏，办法之严酷为历史上所罕见。他的厉行整顿虽有一定效果，但因其性格猜忌多疑，也滥杀了不少无辜。
为惩治贪官，他发明了一种“剥皮实草”的刑法，即剥下贪官的人皮，在皮囊内填充稻草和石灰，然后高悬于公堂之上，以示儆告。可见其整肃贪官的决心。当然，这种手段在今天看来太原始落后，也过于残酷和不人道。
朱元璋称帝30年间，先后惩办了不少贪官污吏。仅在洪武九年（1376年），将有罪官吏发往安微风阳屯田者万余人。
朱元璋曾诏令天下：“奉天承运，为惜民命，犯官吏贪赃满60两者，一律处死，决不宽贷。”并称：从地方县、府到中央六部和中书省，只要是贪污，不管涉及到谁，决不心慈手软，一查到底。他敢于拿自己身边的“大干部”开刀，包括开国功臣朱亮祖和他的驸马欧阳伦。
朱亮祖，六安（今安徽六安）人。元末曾是“义兵”（地主武装）元帅，被朱元璋所俘，遂投降，成为朱元璋帐下的虎将之一。参与攻灭陈友谅、张士诚等战役，屡建战功。洪武元年（1368年），随廖永忠取两广。洪武三年（1370年)封永嘉侯。后出镇北平（今北京）、广东，以“所为多不法”，被朱元璋派人赴广东捉拿归案。洪武十三年（1380年）九月初三，朱亮祖及其子广东卫指挥使朱暹，被押到南京，受鞭刑死。朱亮祖死后，朱元璋为抚慰他人，仍命以侯爵之礼安葬，并亲撰墓志，评价其一生功过。洪武二十三年（1390年）再次大肆清查胡党之时，朱亮祖被除爵，其次子朱昱亦被诛。
欧阳伦是朱元璋和马皇后亲生女儿安庆公主的驸马，进士出身，曾官任都尉。洪武三十年（1397年），他凭着自己的势力派手下走私茶叶。明初茶禁异常严格，而欧阳伦多次派遣家人偷运私茶出境贩卖，从中牟取暴利。同时，欧阳伦还对百姓万般骚扰。一次，他贩运私茶过甘肃兰县（即今兰州）河桥巡检司，竟捶辱司吏，司吏不堪忍受，将其告发。朱元璋听说此事后大怒，不顾马皇后与公主的说情和哀求，将驸马欧阳伦赐死。由于陕西布政使明知驸马利用职权擅自役使吏民贩运私茶，触犯法令而不举报，并且还为他办挟公文，起车载运，朱元璋也将他赐死。而对于勇敢揭发驸马罪行的小吏，朱元璋极为赞赏他这种“不避权贵”的可贵精神，还特地“遗使赍敕嘉劳之。”
洪武十六年（1383年），刑部尚书开济接受一死囚家贿银万两，用另一死囚做替死鬼。他还勒索其他罪囚家人钱物，一家20口人全部“畏罪自杀”。
洪武十八年（1385年），工部许多官员借营建宫廷之机，采取虚报工匠工役人数天数多领工银，发放时克扣工匠银两私吞。朱元璋在一次突击检查中就查处侍郎韩铎、李桢贪污受贿案，并且带出中央专门派去监督工部的工科给事中。
同年，明太祖查处户部侍郎郭桓贪污案。结果被追赃粮700万石，此案除郭桓及户部官员外，又涉及礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦志德等，并处死。
洪武十九年（1386年），礼部侍郎章祥，伙同员外郎辛钦，竟然私自侵吞皇帝赏赐公主婚礼的银两，也被朱元璋拿了个正着。刑部郎中、员外郎受贿虚报死亡并私放两死囚。这些人都被朱元璋斩首。
洪武二十五年（1392年），户部尚书赵勉伙同老婆内外受贿十几万银两东窗事发，结果夫妻二人双双被斩。
朱元璋用了近两年时间，制定了整肃贪污的纲领——《大诰》一书。这是他亲自审讯和判决的一些贪污案例成果的记录，书中还阐述他对贪官态度、办案方法和处置手段等内容。从登基到“驾崩”，他“杀尽贪官”的运动一直在进行，但贪官现象始终没有根除。他晚年只能发出“为何贪官如此之多，早晨杀了，晚上又生一拨”的哀叹。
朱元璋创建明朝后勤奋治国31年，整肃吏治，严惩贪官，创立卫所，巩固边防，重视农业，对社会的稳定，国家的统一和发展，都起了积极作用。