第三章反叛朝廷发动靖难
（1）采取行动
建文元年（1399年）七月五日，朱棣毅然采取行动，杀张昺、谢贵等。随后，命张玉、硃能等人迅速击败了城内的守军，夺北平九门（正阳门、崇文门、宣武门、德胜门、安定门（安贞门）、阜成门、朝阳门、东直门、西直门），控制了北平。然后，朱棣上书建文帝，指齐泰、黄子澄为奸臣，并援《祖训》（“朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王统领镇兵讨平之”）起兵，以道衍为谋士，称其师为“靖难之师”。这年朱棣40岁。从此，拉开了叔侄相争4年的序幕。
朱棣以入京除奸为名，发动了“靖难之役”。经过4年的战争，在1402年打败其侄子恭闵惠帝（建文帝）的统治集团，夺取了明朝政权，建元永乐，是为明成祖。
战争之初，建文帝凭借其军事、政治、经济上的优势，集中强大兵力，分进合击，准备迅速将燕军包围于北平地区而歼灭之。由于洪武时期的功臣已经被朱元璋杀戮殆尽，因此建文朝廷只得派一些年轻将领挂帅，与朱棣的燕军（又称北军）作战。但由于朝廷军（又称南军）兵力强大，双方还是处在一个拉锯战的形势下。北方诸将大多是燕王旧部，后来归顺燕王参战的人也越来越多。燕军先后下通州、蓟州、怀柔等城，取得了初步胜利，为南下奠定了基础。后来通过真定（今河北正定市）之战、北平之战、白沟河之战、东昌之战、夹河之战等战役，逐渐取得了军事上的主动权，为最后挥师南下，一举攻克南京做好了充分准备。
北平之战。建文元年（1399年）八月底，建文帝拜太祖旧将耿炳文为征虏大将军，此时耿炳文已是65岁的老将了，率师30万讨伐朱棣。先锋抵雄县，被燕军打败，9千人全部战死。在真定（今河北正定）之战中，南军又大败。建文帝又以勋戚（有功勋的皇亲国戚）李景隆代替耿炳文，调兵50万进驻河间（今属河北），再次北征伐燕，并筑垒九门，围攻北平。
李景隆，小字九江，是明朝开国名将李文忠（李文忠是朱元璋的外甥，后收为养子）的儿子，是一个白面书生。洪武十九年（1386年）袭爵，曾掌管左军都督府事，累官至太子太傅。建文帝即位，甚被信任重用。燕王起兵反朝廷，长兴侯耿炳文与燕兵作战失利，他代为大将军，率兵50万与燕兵交战。由于李景隆不懂兵法，又妄自尊大，对许多功臣老将弃而不用，兵败势在必然。
十月，朱棣亲自率精骑突袭大宁（内蒙古宁城县境），合并宁王朱权所属三卫兵马，得其部朵颜三卫骑兵，兵力骤增。当时，朱棣为引诱李景隆军仓促来攻，只留下燕王妃和世子朱高炽，以及少部兵力守北平，自己率主力绕道袭取大宁。李景隆闻朱棣北去，乘虚带领兵马前来围攻北平，但未能攻下北平。朱棣回师北平东20里郑村坝，与守城兵马配合作战，大败李景隆军队。
这一战中，守城的燕王妃和世子朱高炽作用不可低估。他们以城中老弱残兵坚守北平城，燕王妃也激劝将校士民的妻子参战，组成一批女兵，披上铠甲，登城拒守，面对李景隆数十万大军的攻击而岿然不动，有力地牵制住了南军，终于坚持到朱棣回师，保住了燕王朱棣的根据地。假设北平被攻占，朱棣将面对另一番景象，胜负的天平尚不知会倾向哪边。
白沟河之战。建文二年（1400年）四月初一，李景隆率军60万人自德州分兵两路，大举北伐。（此时，建文帝被迫罢兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄职，以缓和燕师的攻势）朱棣率军10万人迎战，两军会战于白沟河(今河北雄县境内)。经过数日激战，燕军大败李军，毙伤10余万人，乘胜攻克德州。李景隆拥众10余万人退守济南。燕军跟踪追击，进围济南，遭到山东参政铁铉与都督盛庸的顽强抵御，围城3月而不下，败还。九月，建文帝命铁铉为山东市政使，改命盛庸代替李景隆。十二月，盛庸率师与燕军会战于东昌（今山东聊城），燕军大败，主将张玉战死，被迫还师北平。
夹河之战。建文三年（1401年）春，盛庸率军20万人驻德州，吴杰、平安驻真定，互为犄角，伺机出击。（建文帝于三年又恢复了齐泰、黄子澄的职务）二月，朱棣的燕军再度南下。三月，在夹河（今河北武邑境）大败盛军，斩首10余万人。又在藁（gǎo）城打败了吴杰等部，斩首6万余人。此时，建文帝又采用缓兵之计，下诏赦燕王罪，企图使其懈怠；同时发兵断其粮道，以迫其北归，伺机歼灭。朱棣识破此计，于六月中旬，遣都指挥使李远率轻骑6000人南下，连克济宁、沛县等地，焚盛庸军粮船数百艘、粮数百万石，京师(今南京)大为震惊。七月，盛庸乘燕军南下，令平安率万骑攻北平；大同守将房昭回攻保定。朱棣闻讯，率军回援，大败其军，还师北平。
在这3年多的战役中，南北军互有胜负。朱棣北军虽然胜多负少，但损失也很惨重，而朝廷有足够的能力不断充实南军的力量，北军在河北、山东一带所攻下的城邑，很快又被朝廷兵所夺回，重新占据。到建文三年年底，朱棣起兵3年，仅占据了北平、保定、永平（今天的河北省唐山市）3府，地盘相当的狭小，这与他起兵时的愿望也大相径庭。他深感南军兵多势众，旷日持久，攻防俱难，明朝的疆域那么大，像这样打下去，还不知道要打什么时候，夺取大明江山的前景变得渺茫起来。
也许是天意，就在这关键时刻，有内臣自京师前来告密。这是一个在南京被责罚的宦官，逃到北平后，把南京的虚实情况告诉朱棣，朱棣听了大喜。
朱棣知南京空虚可图，决计改变战略。问策于道衍，道衍说：“毋下城邑，疾趋京师。京师单弱，势必举。”意思是：不要再攻打这些城池了，赶紧直取南京，南京势力单薄，必能成功。于是，朱棣就此定下长驱直入的方针。
建文四年（1402年）正月，朱棣率北军南下。朱棣誓师曰：“频年用兵，何时已平？要当临江一决，不复返顾矣。”四月，连破何福、平安师。五月，克泗州、扬州。建文帝遣庆成郡主庆阳公主：蒙城王（仁祖朱世珍弟寿春王之子）女，嫁黄琛。太祖爱其谨厚，配以王女。至建文时，改封庆成郡主。至燕军，乞割地求和，朱棣冷笑道：“我连太祖封给我的燕王都不要了，还要什么割地呢？”下令不许。六月，江防都督佥(qiān)事陈瑄以舟师（即水军)叛附于燕，燕军渡江，下镇江，直逼南京。
建文四年（1402年）六月十三日，燕军进抵南京金川门（今南京下关区），守将谷王朱橞（huì）、曹国公李景隆开门迎降，建文帝朱允炆于宫中**死(一说出走为僧)。朱棣取得了靖难之役的最后胜利。
当燕军渡江，攻陷京师（今南京）时，建文帝见警报迭传，宫内大乱，于是他下令纵火焚毁皇宫，后、妃等宗室皆被杀或令自杀。朱棣率军杀入宫中，搜寻了3天，始终没有找到建文帝的踪迹。追问内侍，都说不知，只知文帝下令纵火后就不见了踪影，未知死活。只在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，据内侍说是建文帝、马皇后的尸体。朱棣命人从灰烬拨出建文帝残骸，已是满身焦烂，四肢不全，分不清男女，只得下令以天子礼殓葬建文皇帝（墓葬始终无考）。恢复周王橚、齐王榑爵位。杀齐泰、黄子澄、方孝孺，并夷其族。
建文四年（1402年）六月十七日，朱棣在南京南郊大祀天地以后即帝位。并诏：“今年以洪武三十五年为纪，明年为永乐元年。建文中更改成法，一复旧制。”这年朱棣43岁。十一月，立妃徐氏为皇后。从此，朱棣开始了他22年的皇帝生涯。
朱棣赢了，他得到了大明江山，他黄袍加身，当上了皇帝；建文帝输了，他丢了江山，生死不明。人间的机遇总有它的规则，也许这个皇位从一开始就应该是朱棣的，因为朱棣比朱允炆更具有王者风范！那么一个篡位的而得天下的皇帝采取了什么政策来巩固自己的皇位呢？
永乐二年（1404年）四月，置东宫官属。道衍为太子少师，复共姓姚，赐名广孝。立子朱高炽为皇太子，封朱高煦汉王，朱高燧赵王。
朱棣即位之初，对洪武、建文两朝政策进行了调整，提出“为治之道在宽猛适中”的原则。他利用科举制及编修书籍等笼络地主知识分子，宣扬儒家思想以改变明初嗜佛之风，选择官吏力求因才而用，为当时政治、经济、军事、文化等方面的发展奠定了思想和组织基础。他在施仁政同时，也大肆杀戮，主要的目的是为了进一步强化君主**，清除建文余党。朱棣用了近11年的时间，采用恩威并施的手段，从而稳定了他的江山社稷。