（2）诛杀政敌
在朱棣的第一批黑名单中，名列“奸臣”者，以齐泰、黄子澄、方孝孺等为首50余人，均先后被捕杀。其中方孝孺，胡闰等首当其冲。在这场大清洗中被杀者数以万计，受牵连而入狱服刑者更是不计其数。朱棣的清洗工程有几项创新。一是主要对手无缚鸡之力的文臣开刀；二是创立了特务机关——东厂；三是将罪人家属列为贱民，让他们世世代代为奴为娼，永不翻身。
燕军攻破京师后，文武百官多见风转舵，投降求生。对那些忠心不二的建文遗臣剥皮的剥皮，下油锅的下油锅，把他们的女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营中去，一个女子每天要接待20多个男人，被摧残至死的，就将尸体喂狗吃了。“灭十族”、“瓜蔓抄”，都是在这一时期产生的，当时的恐怖气氛可见一斑。史称“壬午之难”。
诛杀文臣
被“灭十族”的是方孝孺。他曾是建文帝的老师，他视建文帝为知遇之君，为建文帝出谋划策，辅助建文帝厉行新政，也是当时最有名的文人。方孝孺（1357—1402年），字希直，一字希古，号逊志，曾以“逊志”名其书斋，蜀献王替他改为“正学”，因此世称“正学先生”。福王时追谥文正。浙江宁海人（宁海古古称缑城，故时人称其为“缑（gōu）城先生”），明代家、散文家、思想家。师从“开国文臣之首”的翰林学士（正五品）宋濂。
方孝孺幼聪慧，6岁能诗，人奇其才。呼为“小韩子”15岁随父兄北上济宁，励志攻读。及长，承学于宋濂，深受器重。洪武十五年（1382年），东阁大学士吴沉等起荐方孝孺，应征至京，在奉天门奉旨作《灵芝》、《甘露》二诗，甚合太祖朱元璋之意。赐宴时，太祖朱元璋有意使人欹（qī）斜几具（将茶几放的歪斜不正），试其为人，方孝孺见状，将茶几等摆正以后才坐下。太祖喜欢其举止端庄，学问渊博，有期待日后辅佐子孙之意，厚礼遣回乡。此后十年，居家读书写作，著《周易考次》《宋吏要言》等篇。31岁时，仇家于叔争讼，牵连到方孝孺，官府籍其家，械押至京问罪。朱元璋见方孝孺名，特名释放，洪武二十五年，再次受荐，授汉中府学教授，深为蜀献王赏识，聘为世子师（世子即后来的建文帝）。
建文年间（1399—1402年）任翰林侍讲学士，凡国家大事，常命方孝孺就坐前批答，时宫中纂修《太祖实录》及《类要》，方孝孺任副总编。后调文学博士，奉命与董伦、高逊志等主持京考。
朱棣进入京师后，召方孝孺为其写即位诏，方孝孺披麻带孝至，痛骂不绝，拒草诏。然后他写下了“燕贼篡位”四字，掷笔与地，大声骂道:“死即死耳，诏不可草。”朱棣发怒道：“汝不顾九族乎？”方孝孺奋然道：“便十族奈我何！”骂声益厉。
朱棣的军师姚广孝曾说：“南方有方孝孺者，素有学行，武成之日，必不降附，请勿杀，杀之则天下读书种子绝矣。”
朱棣没有听姚广孝的劝说，他气急败坏，恨方孝孺嘴硬，叫人将方孝孺的嘴角割开，撕至耳根。方孝孺血涕纵横，仍喷血痛骂，朱棣厉声道：“汝焉能遽（jù，急促）死，当灭十族！”朱棣一面将其关至狱中，一面搜捕其家属，解押至京，当其面一一杀戮。方孝孺强忍悲痛，始终不屈，最终被处于聚宝门（今中华门）外，终年45岁。并被灭门十族。自古以来，最严厉的莫过于诛九族，从来没有诛十族的先例。
相传明宫午朝门内丹墀（chí）上的血迹石，即为方孝孺鲜血所溅而成。午朝门如今虽然改建成了公园，但仍保留着颓垣残壁的面孔，那里竖立着一块方孝孺蒙难纪念碑，石碑为后人用他颈血溅染的丹墀（chí）石所刻。午朝门是明宫城的正门，这里是传达皇帝圣旨，也是明初进行大典的重地，皇帝也在此对有罪大臣“廷杖”处分，至于判决死罪斩首，则一般是在太平门的刑部天牢或闹市区执行。“推出午门斩首”的，也是唯一的一次就是方孝孺被磔（zhé即凌迟处死）。
方孝孺一案，永乐大帝朱棣可是开了先河，空前绝后。所谓十族的概念即：父族四、母族三、妻族二。父族四即：姑之子(姑姑的子女)、姊妹之子(外甥)、女儿之子(外、孙)、己之同族(父母、兄弟、姊妹、儿子)；母族三即：母之父(外祖父)、母之母(外祖母)、从母子(娘舅)；妻族二是岳父、岳母。诛十族,就指明代方孝孺一案了，第十族:方孝孺的所有弟子，也有的说所有朋友门生。
方孝孺一案，就是亘古未有的“灭十族”，总计873人全部处死，入狱及充军流放者达数千。
方孝孺是封建传统的殉道者，他用自己和800多条无辜的生命，换来了一块中国文人的气节碑。方孝孺可谓是知识分子中的最有血性的人物了。在这之前，除了西汉汉武帝时期，司马迁遭受宫刑之后，中国就很难见到如此有血性的知识分子。方孝孺却让我们精神为之一振。但是，有人并不赞赏方孝孺的做法，他老朱家叔侄相争，谁胜了都是朱家的天下，谁当皇帝都是一样，关他甚事？况且朱棣当皇帝很有可能比建文帝要强，后来的事实证明，在那个时代，朱棣做了很多世界之最的事情，为中国的历史添上了辉煌的一笔。
据史料：门人廖镛、廖铭（皆开国功臣廖永忠之孙）在方孝孺被杀后，偷偷收了方孝孺的遗骸，并将其葬于聚宝门外山上（今南京中华门外雨花台东麓）。方孝孺墓，由明万历年间，著名戏剧家汤显祖（代表剧作《牡丹亭》）为其修墓立碑建祠，后毁于战火，清李鸿章任两江总督时，又重新为其修墓立碑，民国时江苏省省长韩国钧又重修，后来均遭焚毁。2002年在方孝孺遇难600周年之际，方孝孺后人又捐款与雨花台管理局一道重新修整了方孝孺墓。现是南京市重点文物保护单位。
建文皇帝削藩的主要谋士黄子澄，先被砍去双手、双腿，然后将其杀死，齐泰亦被“族诛”。
齐泰（？—1402年），溧水洪兰（今南京市溧水洪兰镇）人。原名德，字尚礼，别号南塘。洪武十七年（1384年）举应天乡试第一，第二年举进士，授礼部主事，不久改任兵部主事。洪武二十八年，朱元璋在齐德陪祀郊庙时，因他为官9年而无过失赐名泰。第二年擢升为兵部左侍郎。洪武三十一年又提任为兵部尚书。是年，朱元璋病危，齐泰受命与太常寺卿黄子澄同辅皇太孙。当时朱元璋的几个儿子均拥有重兵在各地为王，建文帝即位后，担心诸王兵权太重，与齐泰、黄子澄计议，决定采取削藩的策略。
建文四年，燕王朱棣攻占南京后，将齐泰的叔父齐阳彦、堂弟齐敬等7名亲属执于京师（南京）处死。同年六月五日，齐泰亦被执至京师，不久与黄子澄等同被斩首。齐泰的其他家属亦牵连被害。
洪熙元年（1425年），明仁宗洪熙皇帝朱高炽（朱棣长子），赦建文帝诸臣罪，赐齐泰亲属7棺归葬于县东15里的塘庄，并发还故业，其墓后名七贤墓。据清光绪《溧水县志》载：“今邑东十里有尚书铺，泰宅也。”（今东庐乡独山铺）嘉靖四年（1525年），齐泰复爵崇祀，知县王从善在洪兰三里亭青丝洞（今白龙水库旁）建齐泰墓，在望京街建中山书院以示纪念。
礼部尚书陈迪和儿子等6人同日就刑，朱棣在行刑前将陈迪儿子的耳鼻割下煮熟让陈迪吃掉，并问味道如何。陈迪没有惧色，回答道“忠臣孝子的肉鲜美无比”，坦然就刑。
所谓“瓜蔓抄”就是朱棣夺位后诛戮建文诸臣的一种残酷的手段，妄引株连，如同瓜藤一样伸延。景清案就是一个典型。在建文帝的遗臣中也有人表面归顺，实为找机会下手，除掉朱棣，这个人就是御史大夫景清。他亲自上演了一个永乐版的“荆轲刺秦王”的传奇故事。
景清辅佐建文帝时因重名节而受人敬仰，所以朱棣篡位后为了笼络他，让他官复原职，景清竟然欣然接受了。景清复命为御史大夫后，不但受命不辞，还委蛇朝右，当时有人暗地里讥笑他，说景清“言不顾行，贪生怕死”，但景清丝毫不在乎别人的议论，仍以“伪装”出现，委曲求全，等待机会，图谋刺杀明成祖，为故主报仇雪耻。一天，他身穿绯衣，暗藏利刃，准备行刺永乐大帝。朱棣见其神色异常，命人搜身，得到利刃。明成祖责问他要干什么。景清见谋刺败露，慨然喝斥：“吾为故主报仇耳，可惜不能成事！”并且破口大骂：“叔夺侄位，如父奸子妻。尔背叛太祖遗命，真乃奸臣贼子，人人得而诛之！”明成祖听言勃然大怒，命令左右打掉了景清的牙齿，割去了景清的舌头。景清以血口喷龙颜、龙案、龙袍。成祖命令以“磔（zhé，意思是，斩杀后把尸体暴露示众。）刑”处死景清，把景清肢体分裂，并将景清剥了皮，在月复中装进茅草，悬挂在长安门示众，并令用铁刷子将景清的肉一层层刷下。后来朱棣过城门，吊在城墙上的景清的皮竟然自己朝他砸了下来，朱棣大惊之下命人将皮烧了，还把骨头打碎。他还不解气，接着又实行惨无人道的“瓜蔓抄”，下令“诛灭九族”，但“转相攀染”，凡景姓的族人几乎斩尽杀绝，还杀了景清的老师、亲戚、朋友、学生，直杀得尸体遍野，血流成河。景清的外甥刘固、刘国随舅舅在京，闻知舅舅遇难，明知自己在劫难逃，极度悲愤，自刎而死。这次非人的“瓜蔓抄”共株连了数百人，其状惨不忍睹，被称为“天下奇冤”。景清的故居也被付之一炬，村庄成了瓦砾遍地、满目疮痍的废墟。真宁县官见此惨状，暗示景姓人隐姓埋名，流亡异地逃一条活命。经县官这么一提醒，据说景姓人在高处一站就姓高，在石头上一坐便姓石，才幸存下几户人。
景清（？—1402年）明陕西真宁（今甘肃正宁）人，一说本姓耿。这里还有一则景清的小故事。景清自小家贫如洗，但却聪颖好学，文思敏捷，读书过目成诵。就读国子监时，因家贫买不起书，经常向人借书读。有一次，他向一位姓巩的同学借1本书读，但其不肯借他，景清多次恳求，他以书系“家传秘书”为由，答应只能借读一晚，第二天凌晨就要归还。第二天，这位同学催他还书，他慌称书是自己的，并非借阅。为此双方争论不休。后来去找先生打官司，景清抢先说此书是他家的“家传秘书”，已经传了几辈人，他可熟背如流。先生让景清当面背书，景清不慌不忙，口齿清晰，声情并茂，“通篇背诵，只字不遗”。先生后让那位姓巩的同学背书，但其慌慌张张，语无伦次，张口结舌，以至于不知书的内容。见此情景，先生把书判给了景清，把那位同学严厉地批评了一通。那位同学既委屈又生气，但无话可说，只得服从。谁知景清当即把书还给了那位同学。由于他能过目成诵，当时村子里人都戏称他为“吃书娃”。景清是洪武进士，授编修，改御史。洪武三十年（1397年）命署左佥都御史。惠帝建文元年（1399年），任北平参议。同驻北平的燕王朱棣过从甚密，言谈之中，因言论明晰，受到赏识。建文二年（1400年），晋升为御史大夫。
残害武将
兵部尚书铁铉的抵抗是最为坚决的，也是令朱棣非常愤恨的，铁铉被俘后朱棣命人割下了他的耳鼻后才将其杀死，妻女充为官妓。
铁铉（1366—1402年），中国明朝将领。明太祖朱元赐字鼎石，传说其为回族，明邓州（今邓州市）城关人。他处事明断，办案公允，颇有政绩，深得明太祖朱元璋赏识，“鼎石”即为其所特赐。
铁铉性情刚决，联盟敏捷，太学读书时
，熟通经史，成绩卓著，由国子生被选授礼部给事中，后调任都督府断事。
洪武中，铁铉以太学生授礼科给事中，调任都督府断事，由于他机智灵敏善决疑狱，朱元璋很器重他，赐字鼎石。建文初年，任山东参政，镇守济南。因击败燕王兵，升兵部尚书。由于铁铉坚守济南，屡破燕兵，燕王久攻城不下，被迫绕道南进。
建文二年（1400年）六月八日，朱棣率北军攻打济南，3个月没有拿下，他准备破釜沉舟，掘开黄河大堤，引黄河水淹毁济南城。铁铉得知消息，决定以诈降之计，诱杀朱棣。铉率众诈降，派壮士暗中控制城门上的铁闸门，又让守城士卒大哭哀嚎“济南城快被淹了，我们就要死了”。不久，尽撤楼橹防具，派城中百姓长者代替守城军做使者，到燕王大营跪伏请降说：“您是高皇帝的亲儿子，我们是高皇帝的臣民，一直想向大王您投降。敬请大王退师十里，单骑入城，我们恭迎大驾！”朱棣不知是计，闻言大喜。忙令军士移营后退，自己高骑骏马，只带数骑护卫，过护城河桥，径自入城受降。朱棣刚要进城门，众士卒便高呼“千岁到”，预先置于门拱上的铁闸门轰然而落旋即砸中了朱棣的马头，知道上当的朱棣换马急走，幸免一死。
朱棣大怒，以重兵围城，铁铉伏于城头，大骂朱棣反贼。燕王大怒，并用数门大炮轰击城内，城将破，铁铉急将朱元璋画像悬挂城头，又亲自书写大批朱元璋神主灵牌，分置垛口，燕军不便开炮，济南城得以保全。在相持之际，铁铉又派壮士，出奇兵，骚扰袭击燕兵，大破燕军。
之后，铁铉又与大将军盛庸合兵，乘胜追击，收复德州诸郡县，兵威大振。济南解围之后，铁铉在大明湖天心水面亭设宴，犒赏将士。建文帝遗官赐金慰劳济南守军，又提拔铁铉为山东布政使，不久，又升为兵部尚书。
朱棣设计擒获铁铉以后，被押送南京。铁铉见朱棣骂不绝口，立而不跪。朱棣令他转身跪下，铁铉坚决不肯。朱棣愤怒之极，令人割下铁铉的耳朵、鼻子，煮熟后塞入他口中，问他滋味如何？铁铉厉声说忠臣孝子的肉有什么不好吃。铁铉仍不屈服，遂受磔（zhé，分裂）刑而死，年36岁。据说当时朱棣还吩咐左右，架起油锅把铁铉炸了，大殿上顿时充满了焦煳气。朱棣怒道：活着叫你朝拜我你不肯，炸成骨头灰你也得朝拜我！太监急忙把铁铉的骨架用铁棒夹着令其转身，没想到油锅里一声爆响，热油从锅里飞溅出来，只烫得太监们嗷嗷乱叫，铁铉的骨架硬是没有转身。后面这段话虽然是神话，但却表现了铁铉宁死不屈，死后也不屈服的伟大精神。
铁铉遇害后，铁铉的家族未被全部屠灭，其父母被发配到海南，他的35岁的妻子和两个女儿被送到“教坊”里充当军妓，长子充军，次子为官奴，后被虐待而死。
直到朱棣死后，他儿子朱高炽（chì）即位，当即下诏：“建文诸臣家属在教坊司（音乐机构）、锦衣卫（特务组织）、浣衣局（明代犯罪女子服役洗衣处）及习匠、功臣家为奴者，悉宥为民。”只可惜这仁政行得太晚，建文帝诸臣的妻女已经受了20年的非人凌辱，早已，死的死，老的老。
朱棣在其皇位比较巩固时，又继续实行削藩。并设置内阁，选资历较浅的官僚入阁参与机务，解决了废罢中书省后行政机构的空缺。朱棣重视监察机构的作用，设立分遣御史巡行天下的制度，鼓励官吏互相告讦(jié)。他利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事，设置镇守内臣和东厂衙门（据说，朱棣时期开创的东厂特务机构比英国的007机构还早了近500年，但这也埋下了以后宦官专政的祸根），恢复洪武时废罢的锦衣卫，厂卫合势，发展和强化了**统治。
太监的势力在永乐朝也得到了充分的发展，许多太监都参与到了政治中来，并成为了举足轻重的人物。其代表人物就是郑和，郑和曾七下西洋，创下了中国航海史的新篇章。