长期的野外生活，使得他身心疲惫，颜色憔悴，面容枯槁。到了夏天，又患上痢疾，但因害怕被发现，不敢出山觅食、求医，狼狈到了极点。这时史彬等3人赶来，境况顿时改善。几天后，3人离别，抱头痛哭一场。建文帝交代，今后不必再来，一则道路艰险，二则关津盘查严密。
建文帝究竟是**而死，还是由密道逃离皇宫去了他乡呢？史学专家对此各执一词，600多年来尚无定论。清人编修《明史》之时，明史馆中诸史臣即对此意见不一。有人认为，随着对建文帝出亡问题研究的不断深入，对史料掌握的不断增多，相信建文帝未**而是出亡的人渐多。
其实，迄今为止，600多年来人们研究建文帝的下落，大都没有离开《明史-恭闵帝本纪》中表述的范畴：
“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。”
“或云帝由地道出亡。正统五年。有僧自云南至广西，诡称建文皇帝。恩恩知府岑瑛闻于朝。按问，乃钧州（今河南禹州市）人杨行祥，年已九十余，下狱，阅四月死。同谋僧十二人，皆戍辽东。自后滇、黔、巴、蜀间，相传有帝为僧时往来迹。”
下面有三种说法大都源出于此：
一是避难云南说（“滇”）。根据当地资料记述，建文帝从宫中出逃后，来到了云南。当时镇守云南的，是镇国公沐英的三儿子沐晟。建文帝从小和沐晟要好，到了昆明后，找到了沐晟，沐晟和建文帝从小情同手足，但迫于明成祖朱棣的权势，只好采取了折中的办法，把他偷偷送到离昆明100公里的武定府，让知府萨周妥为护卫，萨周于是就把建文帝安排到了山高林茂、非常利于隐蔽躲藏的狮子山。
在朱棣死后，建文帝年纪也大了，思乡心切，心想在位的英宗皇帝朱祁镇（年号正统）是晚辈，不应该有加害之理，就取道回京。当时，正统帝难辨其真假，就让先前侍奉过建文帝的太监来辨认。建文帝一口就叫出那太监的名字，并说出该太监在宫中一次吃饭时掉了块鹅肉，急得自己趴着吃了的情景，太监大惊，断定他就是建文帝。正统皇帝就将建文帝迎到西宫奉养。一年后建文帝病故，享年64岁。
二是避难贵州说（“黔”）。建文帝出逃后，曾在贵阳题过两首诗，这与他后来所作的诗文相对照，可判定他到过贵州。据了解，在《明史纪事本末》一书中,曾多次记载他落魄的情形。其中,书中记述他曾到贵州金竺(今贵阳)长官司罗永庵，在庵壁上题诗两首，慨叹自己的流亡生活。
其一为：“风尘一夕忽南侵,天命潜移四海心。凤返丹山红日远,龙归沧海碧云深。紫薇有象星还拱,玉漏无声水自沉。遥想禁城今夜月,六宫犹望翠华临。”
其二为：“阅罢楞严磬懒敲,笑看黄屋寄团瓢。南来瘴岭千层迥,北望天门万里遥。款段久忘飞凤辇。袈裟新换衮龙袍。百官此日知何处？唯有群乌早晚朝。”
后来，据说建文帝回到了京城，又作诗一首：
“牢落西南四十秋，萧萧白发已盈头。乾坤有恨家何在？江汉无情水自流。长乐宫中云气散,朝元阁上雨声收。新蒲细柳年年绿，野老吞声哭未休。”在这首饱含沧桑的诗中，曾提到“西南”一词。如把“西南”与前两首诗的所题之地相对应来看，建文帝无疑到过贵州。
三是避难四川说（“巴、蜀”）。青川华严庵确为明代建文帝在四川的避难所，四川省文物考古所、四川大学的资深专家学者们实地考察后这样认为。华严庵位于青川县青溪镇以南7.5公里的莲花山上，占地面积超过100亩，东西两面是草木丛生的山沟，西侧山沟内有巨石垒砌的双层中空明代石墙。
四是避难江苏说（江苏吴县说）。《文汇报》的记者徐作生亲自到江苏吴县去考察，发现了建文帝出亡时遗留下的一些遗迹、遗物，并结合文献资料，认为建文帝当年藏于吴县普济寺内，不多久姚广孝归隐禅寺，在姚广孝的监护下，建文帝隐藏于穹窿山皇驾庵，直到永乐二十一年（1423年）病殒（yǔn）于此，终年46岁，葬于庵后山坡上。
五是避难江西说，明建文四年(1402)，应天(今南京)发生“金川之变”，燕王朱棣以“靖难”为名，率军攻入京城，建文帝神秘失踪。现有人考证出了湘潭锦石何氏始祖何必华即是明建文帝朱允文，建文大将何福直接策划和组织了救主行动。永乐二年(1404年)，何福之弟何禄，携子魁二、魁五与何福季子魁六，祖籍湘潭、原任左军都督顾成之孙顾兴国，战殁鄱阳湖的旗武将军齐成之子、千户齐兴(世界文化名人齐白石宗族之始迁湘潭祖)，护送建文帝朱允文由江西抚州临川来湘潭，护送人的眷属亦在随行之列。朱允文始藏银塘，先后移居县城东隅之金泥湾和西乡之碧泉，改姓名为何必华，字汝川，娶银塘四甲土著何氏何惠之长女为妻，终年87岁。
还有一个比较有力的说法。一位高僧名溥洽者，为帝剃度，此说见于正史，《明史-姚广孝传》：“初，帝（朱棣）入南京，有言建文帝为僧遁去，溥洽知状，或言匿溥洽所。帝乃以他事禁溥洽；而命给事中胡等遍物色建文帝，久之不可得。溥洽坐系十余年，至是，帝（朱棣）以广孝言，即命出之。”这是建文帝出家遁去，最有力的一个证据。成祖为绝天下人怀念故主之心，明知建文帝未死，而故意说他阖宫**；这样就不能承认建文帝做了和尚，自然也不能课溥洽以私助建文帝出亡的罪名，因而“以他事”收捕溥洽下狱。
另外，近几年有人自称建文帝后人，献出《让氏家谱》（让姓由来：一说明惠帝因燕王棣造反，焚宫时逃亡而出。其后，滇、黔、巴、蜀间，皆传有帝为僧时往来迹，世遂以帝为逊国云。逊者，让也，让之肇姓，实取义于此。），称建文帝通过地道逃离南京，假扮僧道，云游各地，后隐居于武昌，死后就葬在武昌洪山。当然，这一说法还有待于进一步的考证。
此外，还有避难浙江说、青海说、泉州说等等。可以看出许多“说”都是基于《明史-恭闵帝本纪》中的表述，或从中衍生出来的，有的纯属民间传说。
导游认为，这些说法都是说说而已，认真不起来，也没必要去认真。但是有一点是必须注意的，那就是建文帝的**说、出逃说，与朱棣身世的后出（即皇后所生）、妃出（妃子所生），有相应的关系。凡是认为朱棣是后出的，一般同意建文帝的**说，这样谁都无话可说，一了百了，朱棣作为朱家的正宗血统，继皇位无可争议。建文帝**死了，死无对证，也决不会有人前来讨伐朱棣。这也是朱棣最愿意看到的结果。凡是认为朱棣是妃出的，一般接受建文帝的出逃说，希望建文帝活着，伺机重率讨虏大军，夺回失去的皇位。
有人提出了这样一种假设：那就是在城破之前，朱棣完全有可能派人对建文帝进行暗杀，这样最有利于他登上皇位。因为只有建文帝的死才能让他才有机会登上皇帝的宝座，因为朱棣发动的是“靖难之役”，打的是“清君侧”的大旗，如果建文帝还活着他最多也只个辅政大臣，如果他废掉建文帝，自己再做皇帝，他就真正成了乱臣贼子，会遭到天下的反对；如果留着建文帝，尽管是让他做傀儡皇帝，自己掌握实权，朱棣也决不会甘心，自己辛辛苦苦打到南京，目标就是做皇帝，而决不会甘心仅仅作个权臣。可以这样想象，深谋远略的朱棣在攻打南京前就已经考虑好处置建文帝的最佳方法，那就是在城破时派一只心月复的小部队趁混乱闯进皇宫，杀死建文帝，再造成建文帝**的假相，再宣告天下，然后就可以打着国不可一日无君的幌子，堂而皇之的做皇帝去了。
大家不妨想一想，这种可能性存不存在？会不会永远无人知晓？如果某人做了一件事情能够做到永远无人知晓，那么，任何我们不知晓的事情都可能存在，也就是说，后人对建文帝的任何一种猜测和判断都可能是正确的。显然这种推断也存在。