反对派的阵容之强大使光绪感到左右为难，他只得勉励厘定官制大臣和衷共济，妥善协商，厘定官制大臣们最终作了妥协，于是原似裁撤的吏部、都察院被保留下来。
在拟定的新方案中仍设内阁制，置总理大臣，左右副大臣各一人，各部尚书同为内阁政务大臣，均辅弼君主，代负责任。所设之部为外务、民政、度支、陆军、海军、法、学、农工商、交通、理藩、吏部。另设政务处为资政院，礼部为典礼院，大理寺为大理院，都察院仍旧，增设集贤院、审计院、行政裁判院和军咨府。
1902年4月6日，光绪发布裁定中央官制的上谕，宣称：“设官分职，莫不因时制宜。今昔情形既有不同，自应变通尽利。其要旨惟在专责成、清积弊、求实事、去浮文，期于厘百工而熙庶绩。”
本要任命刘飞扬为内阁总理大臣，但他力辞不就。最终任命奕劻为内阁总理大臣，康有为为会办大臣；沈应奎为吏部尚书；王文韶为民政部尚书；陈其昌为度支部尚书；瞿鸿禨为礼部尚书；梁启超为学部尚书；刘洪恩为陆军部尚书；沈家本为法部尚书；张力才为农工商部尚书；吴信锋为邮传部尚书；载沣为巡警部尚书；寿耆为理藩部尚书；陆宝忠为督察院督御史。
这样，虽然刘飞扬没有参加内阁，但是内阁中的要害部门多是他的人。
与此同时，奕劻、刘飞扬仍留军机处，康有为补为军机大臣，林锐以侍郎用，在军机大臣上学习行走。王文韶、瞿鸿禨、载沣，均须辞去军机大臣职务，专管各部事务。
政体改革的程度没有获得改良派的认可。并且在内阁的十四席位置中除了刘飞扬的人占五席外，旧势力仍占六席，而改良派只占有三席。
但这样的改革毕竟使中国中央政治机构向近代化的方向前进了一步。它确认了三权分立原则，行政、司法机构开始分立；军机大臣职数减少，各部尚书均充参与政务大臣，责权加重，表现出向责任内阁演进的趋向；中央各部只设尚书1人，侍郎2人，均为专职，有利于加强官员的行政责任心、提高行政效率；同时还准备增设资政院、审计院、海军部和相当于参谋部的军咨府，陆军和海军、军政和军令分开，向世界通行体制靠拢，表现出顺应时代潮流的趋向。
但是与最初改良派所主张的改革草案相比，又保守了许多。草案遭到多方面的否定，其原因是多方面的。
御史赵炳麟曾连疏陈论：立宪精神全在议院，今不筹召集议院，徒将君主大权移诸内阁，此何心哉？特别是他的《新编官制权属内阁流弊太多折》，紧紧抓住为何不设议院，而独设内阁这个关键问题，论析如果遵照这样的程序进行官制改革，必然造成内阁正、副总理的专权的局面。
这一论点不但使光绪帝感悟，而且此折说的非常透彻，款款数万言，一时间都私下里纷纷传诵，可见其政治影响的波及范围之大。
赵炳麟的奏折确实阐明了西方议会内阁制中内阁与国会的关系，但他宁愿在国会成立之前仍让君主执掌国家大政。
军机大臣瞿鸿禨虽不公开外露对官制改革的意见，但却紧紧抓住改良派欲乘机行责任内阁制，俾内阁架空皇帝之权的政治目的，多次在光绪的面前说改良派的不良居心，并谓康有为其专权跋扈，并对其官制改革方案隐蔽的表报不满。他向光绪进言：改良派热衷于设立责任内阁，祸心弥天，万不可批准。光绪皇帝最终采纳了鸿禨之议，仍用军机处制。
改良派和康有为对瞿鸿禨这个戊戌变法时曾时合作过的大臣大失所望。而其在光绪面前诋毁改良派的举动，使改良派则怀恨在心。
瞿鸿禨，这位21岁即中进士而入翰林的湖南人，为官清廉而刚正，向来以通达时务和清德孤操而被人所称颂。光绪也十分看重于他，戊戌变法前任他为礼部左待郎。
瞿鸿禨出身科举，康有为出身幸进，这就决定了二者在为官之道上的很大不同，儒家文化一向的门第之见，这就为瞿鸿禨对康有为的不满埋下了伏笔，再者瞿鸿禨一向站在道德操守的优越地位，就更难以和康有为走在一起。康有为也曾主动结交瞿鸿禨，希望强强联合结成政治同盟，但是遭到瞿鸿禨断然拒绝。朝野上下因为各种原因反对康有为和改良派的官员就暗奉瞿鸿禨为首领。从心理上来说，这种以正义一方自居的非我莫属的责任感更加扩大了他与康有为的裂缝。虽然他们在立宪问题上并没有根本性的不同。
瞿鸿禨在1898年至1900年期间，经过两湖立宪派的说服动员，思想有明显转变，不仅采纳改良派的进言，并向光绪“造膝密陈”，积极促成了政治改革。1901年，他又积极主张宣布预备立宪的决策者之一。所以他反对立即设立责任内阁并不说明他不赞成改革。
瞿、康的分歧表象上是要不要立即设立责任内阁，而其真意所在乃是“党争”。
很显然，此时的瞿鸿禨主动应和了最高统治者光绪的狭隘心理，对君宪进程和政局产生了重大的影响。这次官制改革的结果致使光绪和改良派之间也开始出现了裂痕。
而官制改革的最主要目的，是为了强化中央集权，尤其是削弱地方督抚的权力，加强中央对地方的控制以及地方对中央的责任。
瞿鸿禨早在《奏请宣布立宪密折》中就说过：“宪法之行，利于国，利于民，而最不利于官”，“盖宪法既立，在外各督抚，在内诸大臣，其权必不如往日之重，其利必不如往日之优。”
这样，他又把改良派推到刘飞扬的对立面。他的运导下，光绪与改良派的关系出现了问题，同时又使改良派与刘飞扬产生了矛盾，这样一个政治奇才，可以说改革搞的乌烟瘴气。
第二百一十一章反对派
第二百一十一章反对派，到网址